Trở ngại lớn nhất cho nghiên cứu khoa học ở các đại học (và các viện nghiên cứu) là không khí thiếu tự do học thuật (nhất là trong khoa học xã hội) và áp lực kiếm thêm thu nhập ngoài lương không cho phép các nhà khoa học nghĩ tới nghiên cứu khoa học nghiêm túc. Không ít nhà khoa học vốn có khả năng và tâm huyết nhưng vì nhu cầu cuộc sống đành phải ngậm ngùi chia tay với khoa học, dạy thêm rất nhiều giờ, làm đủ thứ việc không sở trường, có khi còn trái với lương tâm, để kiếm sống. Sư thiếu trách nhiệm của cơ quan quản lý, lãnh đạo, tuy hàng chục năm nay đã xác định giáo dục khoa học là quốc sách hàng đầu mà vẫn thản nhiên trước tình trạng thầy giáo, nhà khoa học không sống nổi với đồng lương còm đến kỳ quặc, còn nói chi nghiên cứu khoa học hay giảng dạy cho tử tế. Một vài chủ trương gượng gạo để tăng thu nhập cho thầy giáo đại học không những không giải quyết vấn đề một cách cơ bản mà còn có nguy cơ gây rối loạn và bất công trong một môi trường cần trật tự và công bằng. Không giải quyết ổn thoả cái nghịch lý lương/thu nhập này mà để nó tự phát chi phối đời sống đại học thì coi như gác lại vô thời hạn cái mục tiêu sang trọng tiến lên đẳng cấp quốc tế vào năm nọ năm kia trong vài thập kỷ tới.
Hoạt động nghiên cứu khoa học ở các trường đại học ở nước ta trong thời gian qua và cho đến nay luôn được đánh giá ở mức thấp về các công trình có tầmvóc quốc tế cũng như tính hiệu quả. Rất nhiều trường đại học thuộc nhiều lĩnh vực khác nhau kể cả trường công lẫn trường tư mà ở đó hoạt động nghiên cứu khoa học đang là một mảng mờ nhạt, thiếu sinh khí, không tương xứng với tên gọi cũng như hoạt động các nhà trường. Rất nhiều giảng viên của các trường đại học chỉ biết thực hiện nhiệm vụ giảng dạy còn nghiên cứu khoa học là một cái gì đó xa lạ, ngoài tầm với và vượt quá khả năng của họ. Nếu thống kê một cách đầy đủ, trung thực thì chúng ta sẽ nhận được những con số rất đáng buồn về số bài báo đăng trên các tạp chí chuyên ngành trong nước hoặc các công trình được công bố ở các cấp độ khác nhau trên đầu giảng viên đại học. Có rất nhiều giảng viên đại học có học vị tiến sĩ hoặc tham gia giảng dạy rất lâu năm nhưng hầu như không có được nhiều công trình nghiên cứu tương xứng hoặc chưa thực hiện được một công trình nào. Hoạt động nghiên cứu khoa học trong nhà trường và của giảng viên ở các trường đại học Việt Nam còn yếu kém, có một số nguyên nhân cơ bản sau:
Thứ nhất: Trong thời gian dài, do hạn chế về số lượng người giảng dạy đại học so với nhu cầu đào tạo bậc đại học nên trong cơ chế quản lý đào tạo đại học đã làm méo mó chức năng của người giảng dạy, đó là cơ chế quản lý để tạo ra những thợ giảng chứ chưa phải là những giảng viên giảng dạy đại học thực thụ, đúng nghĩa. Giảng dạy gắn liền với nghiên cứu khoa học, nghiên cứu khoa học đi liền với ứng dụng và phục vụ cho giảng dạy mới chỉ là khẩu hiệu chứ chưa trờ thành các hoạt động thực tế ở các trường đại học. Tình trạng này cho đến nay càng trầm trọng hơn khi hàng loạt trường đại học được ra đời trên nền tảng thiếu thốn giảng viên một cách nghiêm trọng.
Thứ hai: Mặc dù trong thời gian qua, việc nghiên cứu khoa học được cơ quan quản lý giáo dục đại học cũng như các trường đại học có đặt ra, có nhấn mạnh, có biểu hiện của sự quan tâm nhưng nhìn chung vẫn
nặng tính chất hô hào, mang nặng tính hình thức và chạy theo thành tích mà chưa đi vào thực chất, thiếu chiều sâu. Do vậy, hoạt động nghiên cứu khoa học đã bị lạm dụng cho mục tiêu đạt được các chức danh mà đôi khi đó chỉ là hữu danh vô thực hoặc chỉ để lấy thành tích với cơ quan chủ quản và cố gắng sử dụng cho hết kinh phí được cấp mà bất chấp hiệu quả đạt được. Chính điều này đã làm cho kinh phí đầu tư cho nghiên cứu khoa học bị sửdụng sai mục đích, lãng phí, có những tác hại rất lớn đối với lòng tin của những người có nhiệt huyết và có năng lực nghiên cứu khoa học của trường đại học.
Thứ ba: Nhiệm vụ nghiên cứu khoa học là nhiệm vụ trọng tâm của giảng viên nhưng giảng viên không thực hiện hoặc không đủ năng lực để thực hiện thì phải giải quyết như thế nào. Mặc dù các trường đại học đều có xây dựng quy chế để đánh giá hoạt động của giảng viên nhưng hầu như không trường nào thực hiện được quy chế đánh giá do số lượng người không tham gia nghiên cứu là quá lớn, chiếm đại bộ phận trong giảng viên của trường; chính điều này dẫn đến tính ỷ lại, chây lười, coi thường hoạt động nghiên cứu khoa học của một số giảng viên trong trường đại học
Thứ tư: Nghiên cứu khoa học là công việc khó, đòi hỏi khả năng tư duy và sáng tạo nên phải có quá trình rèn luyện và nâng cấp dần để từ từ đạt được những kết quả được công nhận từ cấp độ thấp đến cao. Do vậy, việc kèm cặp, định hướng, giúp đỡ, động viên các giảng viên đặc biệt là các giảng viên trẻ trong nghiên cứu khoa học là một công việc rất cần thiết, không thể lơ là. Tuy nhiên, lực lượng đầu đàn lại quá mỏng còn giảng viên lâu năm thì không phải ai cũng đủ khả năng nghiên cứu khoa học. Các trường đại học đang thiếu một lực lượng giảng viên có năng lực, có tâm huyết nghiên cứu khoa học để làm những đầu máy đủ lực đưa hoạt động nghiên cứu khoa học của nhà trường phát triển.
Thứ năm: Giảng viên các trường đại học chú trọng vào nhiệm vụ giảng dạy hơn là hoạt động nghiên cứu khoa học. Đây là một thực tế xảy ra ở tất cả các trường đại học trong phạm vi cả nước bởi chỉ có giảng dạy mới có thể bổ sung cho đồng lương quá ít ỏi. Nếu không giải quyết được vấn đề tiền lương thoả đáng cho giảng viên thì khó mà tạo ra sự an tâm cho giảng viên kể cả những giảng viên có năng lực nghiên cứu khoa học thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học mà chúng ta đang đặt ra (Ngô Thị Thu Hồng, Phạm Thị Lan Anh, 2019).
Nghiên cứu khoa học là nhiệm vụ của giảng viên nhưng việc đảm bảo cuộc sống gia đình lại là gánh nặng mà giảng viên phải có trách nhiệm giải quyết hàng ngày. Do vậy, việc chỉ chú tâm vào giảng dạy và chạy theo giờ giảng đang trở nên một thách thức to lớn đối với việc thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và nâng cao chất lượng giảng dạy đại học hiện nay.