Hiện nay, vấn đề hóc búa nhất với các trường đại học ngành kinh tế cũng như các trường đại học của Việt Nam là: thu nhập của giảng viên trẻ quá thấp, thậm chí thấp hơn so với công nhân tại các khu công nghiệp, khiến họ không sống nổi bằng lương trong khi họ thỏa mãn yêu cầu tham gia chương trình đào tạo, bồi dưỡng trình độ cao, chịu nhiều áp lực. Thu nhập ngoài lương là NCKH thì mức thanh toán và hình thức thanh toán còn bất cập. Tiền đề tài NCKH mỗi năm quyết toán có một lần, với mức kinh phí chỉ đủ thanh toán các khoản đã phải ứng ra từ trước, nhiều trường hợp giảng viên phải lấy tiền túi trang trải các khoản chi cho NCKH. Thêm vào đó, các giảng viên các trường đại học tư thục lại phải giảng dạy rất nhiều để trang trải cuộc sống. Để hoàn thành nhiệm vụ được giao và đảm bảo cuộc sống, giảng viên không còn thời gian, tâm trí và sức lực để làm NCKH.
Bên cạnh sự hạn chế về kinh phí cho công tác NCKH, thủ tục thanh toán cũng gây bức xúc khá lớn cho giảng viên. Các trường vẫn thực hiện thanh toán kinh phí NCKH theo Thông tư liên tịch số 55/2015/TTLT-BTC-BKHCN về định mức xây dựng phân bổ dự toán và quyết toán kinh phí với nhiệm vụ khoa học có sử dụng ngân sách và Thông tư liên tịch số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC quy định khoán chi thực hiện nhiệm vụ khoa học sử dụng ngân sách. Các giảng viên cho biết, để hoàn thiện hồ sơ thanh toán, quyết toán; giảng viên phải xây dựng định mức nội dung công việc, xác định được người tham gia, thời gian hoàn thành, các khoản chi rõ ràng dẫn tới tình trạng, đôi khi hồ sơ thanh toán nhiều tài liệu hơn nội dung nghiên cứu khoa học. Việc quy định không rõ ràng, thậm chí không hợp lý khiến tình trạng giảng viên phải làm lại thủ tục nhiều lần hoặc phải thuê đơn vị khác hoànthiện để thanh quyết toán khá phổ biến. Quy định về định mức kỹ thuật, ngày công lao động chưa được điều chỉnh kịp thời; không đánh giá đúng công sức của giảng viên do định mức chi cho thù lao viết nhận xét đánh giá của hội đồng tuyển chọn, nghiệm thu thấp hơn thù lao tham gia họp hội đồng tuyển chọn, nghiệm thu, dự toán kinh phí quản lý chung nhiệm vụ NCKH không đủ để tổ chức chủ trì nhiệm vụ NCKH thực hiện đầy đủ các chức năng quản lý.
Khi thực hiện khảo sát nhóm nhân tố Thủ tục ảnh hưởng tới động lực NCKH của giảng viên đại học, bốn biến trong nhóm nhân tố thủ tục nhận được đánh giá trung bình chung ở mức trung bình thấp, đặc biệt trong đó, biến quan sát “Thầy/Cô tin rằng nếu Trường đại học nơi Thầy/Cô công tác có chính sách rõ ràng về hỗ trợ tài chính cho năng suất nghiên cứu cao, Thầy/Cô sẽ chăm chỉ đạt mục tiêu nghiên cứu cho Trường” được đánh gía ở mức rất thấp. Do đó, lãnh đạo các trường phải hoàn thiện quy
chế và thủ tục thanh toán cho giảng viên thực hiện NCKH:
Thứ nhất: Nhà trường phải tăng thu nhập cho các giảng viên với nguyên tắc: thu nhập tăng thêm nhiều hay ít phải tùy thuộc vào kết quả công tác nghiên cứu. Giảng viên làm nghiên cứu có chất lượng, có công bố quốc tế phải có thu nhập tốt hơn so với giảng viên không làm nghiên cứu. Như thế mới công bằng và sự chênh lệch về thu nhập theo cách như vậy sẽ tạo ra động lực NCKH cho giảng viên.
Thứ hai: Trường cần tăng kinh phí cho các đề tài đi đôi với việc đổi mới cơ chế xét duyệt và nghiệm thu, thanh quyết toán đề tài. Việc xét duyệt và cấp kinh phí đề tài cần nghiêm túc, minh bạch và được tiến hành bởi các hội đồng khoa học thực sự đảm bảo về chất lượng chuyên môn cũng như tính khách quan trong đánh giá. Việc nghiệm thu, thanh quyết toán nên theo cơ chế khoán sản phẩm. Sản phẩm đầu ra của một đề tài là quan trọng nhất, là thước đo hiệu quả của việc thực hiện đề tài. Cơ chế khoán sẽ giúp lược bỏ bớt những khâu trung gian, những thủ tục hành chính giúp cho các giảng viên tiết kiệm được thời gian và công sức để tập trung cho công tác nghiên cứu.
Thứ ba: Thực hiện thanh toán đề tài theo giai đoạn nghiên cứu để giảng viên có nguồn chi kịp thời; giảm sự rườm rà về thủ tục hồ sơ, giấy tờ trong thanh toán, đặc biệt cho phép giảng viên làm hồ sơ online để giúp giảng viên tiết kiệm thời gian, công sức và chi phí cho khâu thanh toán.
Thứ tư: Các trường hoàn thiện quy trình thanh toán, theo đó, đơn vị quản lý đề tài chỉ phê duyệt dự toán đề tài, nhiệm vụ khoa học với một số hạng mục chi như: Nhân công, vật tư, hóa chất tiêu hao, mua sắm thiết bị. Trên cơ sở đó, giảng viên hoặc các nhóm NCKH có toàn quyền chủ động quyết định các khoản chi.