Bộ máy tổ chức hiện nay của Vietcombank gồm: Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Uỷ ban quản lý rủi ro, Tổng giám đốc, Uỷ ban Quản lý Tài sản Nợ/Có ALCO, Hội đồng tín dụng trung ương, Hội đồng xử lý rủi ro trung ương, các phòng ban chức năng. Mạng lưới với hơn 400 Chi nhánh/Phòng Giao dịch/Văn phòng đại diện/Đơn vị thành viên trong và ngoài nước, gồm 1 Hội sở chính tại Hà Nội, 1 Sở Giao dịch, 1 Trung tâm Đào tạo, 89 chi nhánh và hơn 350 phòng giao dịch trên toàn quốc, 2 công ty con tại Việt Nam, 2 công ty con và 1 văn phòng đại diện tại nước ngoài, 6 công ty liên doanh, liên kết.
Hội sở chính là nơi tổng điều hành, tại đây tất cả các dữ liệu được lưu trữ tập trung, các chi nhánh hoạt động trong ngày và cuối ngày sẽ chuyển tất cả về Hội sở chính. Hội sở chính cũng là nơi điều phối vốn cho toàn bộ chi nhánh, cung cấp vốn cho các chi nhánh thông qua cho vay và nhận huy động vốn của các chi nhánh khác khi chưa sử dụng, đồng thời cũng đưa ra các chính sách về lãi suất, tổ chức các chương trình ưu đãi, tiêu chí phân loại khách hàng...trong toàn hệ thống. Tuy nhiên, tại từng chi nhánh vẫn có thể áp dụng linh hoạt những chính sách này sao cho phù hợp với địa bàn của mình.
Mô hình quản lý này còn có ưu điểm là thông suốt, nhất quán chính sách làm việc từ trên xuống, công bằng giữa các chi nhánh và rất tốt cho các khách hàng như khi giao dịch online mọi nơi, vì tại đâu cũng giống nhau, số liệu cập nhật nhanh chóng. Tuy nhiên, cũng chính vì mô hình quản lý của NHNT từ trên xuống dưới nên cũng tạo ra những nhược điểm là bộ máy quản lý quá cồng kềnh làm mất đi tính linh hoạt, khả năng xoay chuyển khi có một chính sách mới, một sự thay đổi trong kinh doanh. Bên cạnh đó, mối quan hệ giữa hội sở chính và các chi nhánh chưa thực sự dựa trên sự liên kết, ràng buộc về trách nhiệm và quyền lợi, chỉ đơn thuần là quan hệ trên dưới theo quy định hành chính. (Vietcombank 2014)
Hình 1.3: Sơ đồ tổ chức của Vietcombank