- Hạn chế về đội ngũ lao động (quản lý, tác nghiệp): Nguồn nhân lực hoạt động du lịch của VQG Tam Đảo còn hạn chế cả về số lượng và trình độ quản lý, nghiệp vụ, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển du lịch trong cơ chế thị trường.
- Hạn chế về cơ sở vật chất kỹ thuật du lịch, đặc biệt hệ thống khách sạn đạt tiêu chuẩn xếp hạng và các dịch vụ vui chơi giải trí: Do nguồn kinh phí còn hạn hẹp
có nhà nghỉ, khách sạn đạt tiêu chuẩn xếp hạng, chưa có khu vực nhà hàng phục vụ ăn uống riêng cho du khách.
- Hạn chế về sản phẩm du lịch và hoạt động marketing xúc tiến quảng bá du lịch so với yêu cầu phát triển: Cho đến nay, hoạt động marketing xúc tiến quảng bá du lịch của VQG Tam Đảo vẫn chưa có được một chiến lược cụ thể vì vậy các hoạt động trong thời gian qua chỉ mang tính "tình thế" và dựa vào nguồn ngân sách vốn rất hạn hẹp của trung ương cũng như từ sự hỗ trợ của một số chương trình. Sản phẩm đặc trưng du lịch sinh thái với việc khai thác các giá trị của hệ sinh thái rừng mưa nhiệt đới núi cao ở VQG Tam Đảo vẫn chưa có được sự đầu tư phát triển như mong muốn.
- Tình trạng "chồng chéo" trong quản lý du lịch ở Tam Đảo.
Cơ quan tham mưu và triển khai thực hiện phát triển du lịch tại Tam Đảo không ổn định và chồng chéo. Trên địa bàn huyện Tam Đảo, có 3 BQL gồm BQL khu danh thắng Tây Thiên, BQL khu du lịch Tam Đảo và BQL VQG Tam Đảo đều khai thác hoạt động du lịch, trong đó tài nguyên rừng vẫn là do VQG Tam Đảo quản lý.