Hầu hết các CTKT thuộc Nhóm 1 và Nhóm 2 đã xây dựng đầy đủ thủ tục tham gia KK HTK (nếu nhận thấy đây là khoản mục trọng yếu). Tại các công ty này, quá trình tham dự KK HTK cũng giống như KK các TS cố định hữu hình khác, KTV cũng phải tiến hành xác định thời gian thực hiện, xác định quy mô mẫu, lựa chọn các thủ tục kiểm toán và lựa chọn các khoản mục để khảo sát. Quá trình thực hiện thường được tiến hành như sau:
Trường hợp thứ nhất, đối với các khách hàng đã được kiểm toán nhiều năm hoặc CTKT được bổ nhiệm kiểm toán trước ngày kết thúc năm tài chính, KTV có mặt chứng kiến cuộc KK HTK của đơn vị theo một kế hoạch, chương trình đã được thiết kế sẵn, nội dung của qui trình này được thiết lập và điều chỉnh cho phù hợp với đặc điểm HTK của từng đối tượng khách hàng. Nếu HTK của đơn vị được lưu trữ ở nhiều kho bãi, vị trí rải rác thì KTV sẽ thay đổi địa điểm quan sát KK hợp lý trong
mỗi năm. Bên cạnh đó, KTV chọn mẫu theo đơn vị tiền tệ (MUS) để kiểm tra, đây thường là những loại HTK có giá trị cao, chiếm một tỷ trọng tương đối lớn trong tổng số hàng hóa của đơn vị và khả năng xảy ra rủi ro tiềm tàng của các loại HTK này cao,... Sau khi kết thúc quá trình KK, KTV trình bày kết quả cuối cùng tại khách hàng, đồng thời đối chiếu kết quả này với số liệu KK thực tế trên BBKK của khách hàng và với số liệu trên sổ sách kế toán nhằm tìm ra chênh lệch.
Chuyên gia kiểm toán tại EY cho biết tại công ty này, qui trình của thủ tục KK HTK được thực hiện theo các phân đoạn công việc như sau: (1) trước ngày KK, (2) trong quá trình KK, tại thời điểm KK. Đối với từng giai đoạn, chương trình này đã đưa ra các chỉ dẫn khá cụ thể các nhiệm vụ mà KTV phải hoàn thành để giảm thiểu tối đa sai sót. Trong đó, trước khi chứng kiến KK tại đơn vị, KTV đặt lịch hẹn với khách hàng, lên kế hoạch tham gia KK. Song song với việc quan sát nhân viên đơn vị KK, nhân viên kiểm toán phải chọn mẫu các loại HTK để KK trực tiếp và xây dựng BBKK độc lập với BBKK của khách hàng ghi chép lại qui trình và cách thức tiến hành KK của khách hàng và cách thức tham gia chứng kiến KK của KTV. Khi đã hoàn thành KK, KTV và đơn vị được kiểm toán tiến hành đối chiếu số liệu giữa hai BBKK này để xác định chênh lệch giữa số liệu thực tế với số liệu trên sổ sách HTK.
Trường hợp thứ hai, CTKT được bổ nhiệm kiểm toán sau ngày kết thúc niên độ kế toán, khi KTV không có điều kiện tham gia chứng kiến KK HTK thì nên tiến hành đánh giá tính hữu hiệu của KSNB trong việc KK HTK tại thời điểm kết thúc niên độ kê toán. Nếu KTV không tin tưởng vào qui trình này thì sử dụng thủ tục kiểm toán bổ sung để khẳng định đúng đắn giá trị HTK được khách hàng ghi nhận trên BCTC. Các thủ tục có thể kể đến như: KK; xem xét các tài liệu KK của khách hàng., nếu thông tin thu thập được vẫn không đủ cơ sở để đánh giá tính đúng đắn về tính hiện hữu, đầy đủ của số dư HTK thì KTV cần lựa chọn ý kiến kiểm toán phù hợp.