Thứ nhất, NSNN hiện nay được thực hiện khá hoàn chỉnh từ Quốc hội là cơ quan quyền lực cao nhất đến các đơn vị thụ hưởng, qua các khâu lập dự toán, phê duyệt dự toán cho tới việc thực hiện chi trả và quyết toán NSNN. Trong những năm gần đây, về quy mô, phương thức cấp phát NSNN đã coi trọng tới công việc kiểm soát chi NSNN bằng các văn bản, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ, Bộ tài chính và cơ quan chức năng. Tuy vậy, tổ chức quản
lý thu - chi từ NSNN vẫn còn cồng kềnh, chưa đồng bộ, sự phân công, phân nhiệm giữa các cơ quan chức năng chưa rõ ràng, còn tồn tại hiện tượng chồng chéo, lồng ghép, không có cơ quan nào kiểm tra, kiểm soát việc thực hiện cấp phát, chi ngân sách có đúng mục đích, đối tượng hay không, dẫn đến tình trạng cấp phát chi NSNN chưa mang được hết tính hiệu quả, còn tồn tại sự lãng phí.
Thứ hai, cần nghiên cứu đổi mới phương pháp lập dự toán NSNN theo đầu vào như hiện nay sang lập dự toán NSNN theo kết quả đầu ra. Quản lý NSNN theo kết quả đầu ra được coi là công cụ để Nhà nước tập trung nguồn lực công vào nơi mang lại lợi ích cao nhất cho xã hội, giúp cải thiện chính sách công và góp phần tăng cường hiệu quả quản lý.
Thứ ba, khi dự toán chi NSNN đã được Quốc hội phê chuẩn thì việc tổ chức thực hiện cấp phát chi NSNN thuộc về cơ quan tài chính. Vấn đề hết sức quan trọng đang được đặt ra là mối quan hệ, vai trò, trách nhiệm của từng cơ quan Nhà nước sau khi nhận được phân bổ NSNN và tiếp tục thực hiện cấp phát chi NSNN đến các đơn vị thụ hưởng.
Thứ tư, kiến nghị Chính phủ và UBND tỉnh tiếp tục ban hành hệ thống các văn bản hoàn thiện cơ chế khoán biên chế và khoán chi hành chính, cũng như ban hành các văn bản quy định các tiêu chí để đánh giá, lượng hóa mức độ hoàn thành nhiệm vụ của các đơn vị nhận khoán. Đây là căn cứ để các đơn vị này xây dựng các định mức công việc nội bộ phục vụ cho việc đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ của cán bộ, công chức. Cần có các văn bản hướng dẫn việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ tương đối cụ thể, thuận lợi cho các đơn vị khi triển khai thực hiện.
Thứ năm, khi bộ tài chính ban hành các thông tư và văn bản hướng dẫn Luật cần phải rõ ràng, dễ hiểu, hạn chế tối đa sự chồng chéo giữa các văn bản này và văn bản khác, làm cho KBNN cũng như các đơn vị sử dụng ngân sách khó áp dụng, hoặc áp dụng không sát với hướng dẫn. Các thông tư hướng dẫn
phải kịp thời, phải có tính độc lập, văn bản sau phải thay thế văn bản trước, hạn chế ban hành các văn bản bổ sung hay sửa đổi một số điểm của văn bản trước.