Các nghiên cứu cho thấy người tuân thủ muốn người không tuân thủ phải bị trừng phạt bởi tâm lý hướng đến sự công bằng. Theo Ayres và Braithwait (1992, 2016) [103], các hình phạt nghiêm khắc sẽ có hiệu quả nhất khi sử dụng cùng với hệ thống hình phạt nhẹ hơn. Hình phạt là quan trọng, thể hiện công bằng và minh bạch, nhưng không phải là một rào chắn mà là một cơ chế để thuyết phục đối tượng nộp thuế rằng những người khác cũng đang tuân thủ xem Hình 2.5.
Hình 2.5. Mô hình chế tài hình phạt trong quản lý tuân thủ Nguồn: Tổ chức Hải quan thế giới (2014)
Ngoài ra, cấu trúc của hệ thống hình phạt khác nhau ở mỗi quốc gia: sự khác nhau đó có thể là về tỷ lệ phạt hoặc mức phạt các đối tượng nộp thuế. Vì vậy, ở các sắc thuế sẽ có những mức phạt khác nhau cho mỗi đối tượng nộp thuế. Hơn nữa, mức phạt cũng phụ thuộc vào mức độ vi phạm của người nộp thuế như: không nộp hồ sơ, nộp hồ sơ đúng hạn nhưng khai báo sai doanh thu, không đầy đủ hóa đơn chứng từ…Hai hành vi gian lận được cho là phổ biến nhất trong phân tích TTT là khai báo sai doanh thu và không có đầy đủ hóa đơn (Hyun. J. K, 2003) [112]. Nếu một quốc gia có hệ thống QLT tốt sẽ hạn chế mức độ vi phạm của các DN. Có thể thấy, mức hình phạt và tỷ lệ kiểm tra cao sẽ ngăn chặn hành vi trốn thuế của người nộp thuế. Tuy nhiên, các mô hình phức tạp hơn như “lý thuyết người đại diện” và “lý thuyết trò chơi” gợi ý rằng hình phạt rất khó để diễn tả trong các mô hình tuân thủ vì kết quả được xác định là nội sinh với gian lận thuế (Andreoni và cộng sự, 1998) [102].