Hệ thống khuôn khổ pháp lý còn chưa hoàn thiện và thiếu đồng bộ
Dịch vụ Mobile Banking dựa trên những đổi mới và sáng tạo liên tục của công nghệ, do đó, nhiều trƣờng hợp các quy định của nhà nƣớc còn chƣa theo kịp. Các chính sách và điều kiện hỗ trợ phát triển dịch vụ thanh toán điện tử còn yếu. Hiện nay, ngoài một số văn bản về thanh toán không dùng tiền mặt, Chính phủ chƣa có văn bản nào quy định cụ thể về việc áp dụng dịch vụ Mobile Banking. Việc sử dụng các dịch vụ Mobile Banking đặt ra nhiều thách thức liên quan đến khuôn khổ pháp lý, an toàn bảo mật thông tin.
Nhận thức của đa số dân cư về sử dụng dịch vụ Mobile Banking còn thấp
Đối với một bộ phận dân cƣ tại các vùng có nhận thức tài chính chƣa cao, sản phẩm Mobile Banking còn khá phức tạp, khó sử dụng. Vì vậy, ứng dụng Mobile Banking phải đáp ứng đƣợc các yếu tố vừa dễ sử dụng lại phải đảm bảo đƣợc an toàn bảo mật thông tin.
Thực tế, ngƣời dùng Việt Nam còn khá xem nhẹ vấn đề bảo mật trên điện thoại của mình, việc không chú trọng bảo mật sẽ tạo kẽ hở để các loại tội phạm có thể tấn công vào tài khoản thực hiện giao dịch trái phép.
Ngƣời dân chủ yếu thanh toán bằng tiền mặt, chƣa tin tƣởng vào giao dịch điện tử, nhu cầu của khách hàng ngày càng cao
Thói quen dùng tiền mặt vẫn còn rất phổ biến tại Việt Nam, có đến 90% chi tiêu hàng ngày tại Việt Nam sử dụng tiền mặt, 99% sử dụng tiền mặt để thanh toán các mặt hàng dƣới 100.000 đồng. Thậm chí có những ngƣời không hề biết đến các phƣơng tiện thanh toán nào khác ngoài tiền mặt. Việc thay đổi thói quen cũ và hình thành thói quen mới trong phƣơng thức thanh toán là một khó khăn rất lớn đối với nền kinh tế.
Sự phát triển của dịch vụ Mobile Banking còn phụ thuộc khá lớn vào sự tin tƣởng của ngƣời dân. Ngƣời dân hiện nay vẫn còn thiếu sự tin tƣởng đối với các dịch vụ Mobile Banking nói riêng và dịch vụ thanh toán điện tử nói chung.
Do sự cạnh tranh trong các ngân hàng càng nhiều áp lực do nhu cầu của khách hàng ngày càng cao, dễ thay đổi, mức độ trung thành với ngân hàng ngày càng giảm đòi hỏi các ngân hàng cung cấp các dịch vụ đa kênh, không rào cản giữa các kênh, sản phẩm đơn giản dễ hiểu, cá thể hóa theo từng khách hàng.
Hạ tầng thanh toán còn nhiều bất cập, công nghệ thay đổi nhanh chóng
Hiện nay tại mỗi điểm thanh toán, mỗi ngân hàng lại chủ động xây dựng hệ thống thanh toán riêng của đơn vị mình dẫn tới lãng phí và không tận dụng đƣợc hạ tầng chung. Các hình thức thanh toán mới nhƣ NFC, QR Code.. đang dần phát triển nhƣng vẫn đang trong giai đoạn đầu triển khai. Đến cuối năm 2018, mới chỉ có 16 ngân hàng triển khai QR Code với 30.000 điểm chấp nhận thanh toán QR Code..
Bên cạnh đó, việc sự phát triển quá nhanh của công nghệ cũng chính là thách thức lớn đối với mỗi ngân hàng. Công nghệ thay đổi nhanh chóng tạo sức ép cho ngân hàng cần phải thƣờng xuyên tăng cƣờng đầu tƣ công nghệ.
Nhân lực phát triển dịch vụ còn thiếu và hạn chế về kinh nghiệm
Nguồn cung lao động cho ngành thƣơng mại điện tử còn nhiều hạn chế về cả số lƣợng và chất lƣợng. Theo khảo sát hàng năm của Cục Thƣơng mại
điện tử và công nghệ thông tin của Bộ Công thƣơng, các doanh nghiệp tham gia khảo sát đều cho thấy nhu cầu nhân lực thƣơng mại điện tử là rất cần thiết và chƣa đáp ứng đủ yêu cầu.