- Cơ cấu tổ chức quản lý khai thác hệ thống công trình thủy lợi của Công ty tương đối hợp lý. Thực tế các công trình mà công ty chịu trách nhiệm quản lý nằm rải rác trên địa bàn 08 quận, huyện thuộc thành phố Hà Nội và một phần diện tích của huyện Mê Linh, tỉnh Bắc Ninh và tỉnh Vĩnh Phúc vì vậy rất khó để quản lý một cách hiệu quả. Công ty đã phân cấp quản lý thành các xí nghiệp và trạm quản lý công trình tại từng địa bàn cụ thể như: Xí nghiệp ĐTPT thủy lợi Thanh Trì quản lý khai thác các công trình thủy lợi thuộc địa bàn huyện Thanh Trì, Xí nghiệp ĐTPT thủy lợi Xí nghiệp ĐTPT Thuỷ lợi Gia Lâm quản lý khai thác các công trình thủy lợi thuộc địa bàn huyện Gia Lâm, Xí nghiệp ĐTPT Thuỷ lợi Từ Liêm quản lý khai thác các công trình thủy lợi thuộc địa bàn quận Bắc Từ Liêm và Nam Từ Liêm. Xí nghiệp ĐTPT Thuỷ lợi Sóc Sơn quản lý khai thác các công trình thủy lợi thuộc địa bàn huyện Sóc Sơn, Xí nghiệp ĐTPT Thuỷ lợi Đông Anh quản lý khai thác các công trình thủy lợi thuộc địa bàn huyện Đông Anh. Việc phân cấp quản lý như vậy giúp cho việc quản lý khai thác công trình diễn ra tốt hơn, kịp thời phát hiện và khắc phục sự cố.
- Công tác lập kế hoạch sản xuất: Trước năm 2012 Công ty hoạt động theo phương thức giao kế hoạch hàng năm; từ năm 2012 đến nay chuyển đổi sang phương thức đặt hàng, thành phố Hà Nội đặt hàng Công ty thực hiện nhiệm vụ quản lý, vận hành công trình đảm bảo tưới tiêu cho diện tích cụ thể và được hưởng số tiền tương đương với diện tích đó nhân với đơn giá tưới tiêu (3.482.424 đ/ ha tưới, tiêu). Tùy theo diện tích tưới tiêu thay đổi theo từng năm mà giá trị đặt hàng có thay đổi tương ứng. Công tác lập kế hoạch sản xuất của công ty hợp lý nên các hợp đồng tưới được hoàn thành tỷ lệ cao. Thu chi tài chính minh bạch, rõ ràng, lợi nhuận hằng năm đều dương và có xu hướng tăng dần.
- Công tác giám sát và đánh giá công tác quản lý khai thác hệ thống thủy lợi: Bên cạnh nâng cao trình độ chuyên môn, năng lực quản lý cho các cán bộ trực tiếp quản lý công
trình thủy lợi thì cũng cần phải tăng cường công tác quản lý, chỉ đạo từ trên xuống để đốc thúc, kiểm tra quá trình làm việc. Phải bám sát thực tiễn, nắm bắt kịp thời, năng động, sáng tạo để xây dựng đề án – kế hoạch sản xuất sát đúng tình hình thực tế của từng đơn vị nhằm phát huy hết năng lực, trình độ của cán bộ công nhân viên, khai thác hết tiềm năng lợi thế hiện có để hành động thực hiện. Công ty luôn tiến hành các đợt kiểm tra, giám sát, đánh giá định kỳ công tác quản lý khai thác hệ thống công trình thủy lợi. Do địa bàn quản lý rộng nên nếu không theo dõi sát sao thì rất dễ phát sinh vi phạm. Đồng thời công tác đánh giá cũng giúp ban lãnh đạo công ty phát hiện điểm tốt và chưa tốt trong quá trình hoạt động để phát huy và cải thiện. Nhằm duy trì và nâng cao hiệu quả quản lý.
- Kỹ thuật có tác động rất lớn đến việc quản lý, khai thác các công trình thủy lợi. Muốn nâng cấp và làm mới công trình cần phải áp dụng các công nghệ làm sao cho phù hợp với điều kiện làm việc cụ thể của từng công trình từ đó việc nâng cấp, xây mới phục vụ hiệu quả và lâu dài hơn như việc phục vụ tưới tiêu chủ động, chủ động một phần hay tạo nguồn. Nhận thức được điều đó trong những năm qua Công ty đã thực sự nghiêm túc đầu tư ứng dụng khoa học, công nghệ trong quản lý khai thác. Các công trình thuộc địa bàn Công ty quản lý hầu như được xây dựng từ rất lâu, chất lượng công trình đã kém tận dụng nguồn vốn đầu tư của thành phố Hà Nội, nguồn vốn trái phiểu chính phủ, nguồn vốn ngân sách Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn, nguồn vốn tự có,…Công ty đã sửa chữa, cải tạo các công trình đã có, xây dựng những công trình mới với công nghệ hiện đại để nâng cao năng suất.