Chúng ta thực hiện nhiệm vụ Thủy lợi trong tình hình đất nước đang đẩy mạnh công cuộc công nghiệp hóa – hiện đại hóa và trên cơ sở nền tảng của Ngành thủy lợi đã phát triển, bên cạnh những thuận lợi, chúng ta còn có nhiều khó khăn, thách thức lớn sau:
Nhìn chung các công trình thủy lợi được đầu tư từ rất sớm, từ những năm 1960 đến nay hệ thống các công trình thuỷ lợi đã từng bước được đầu tư xây dựng như các trạm bơm lớn, kênh mương, cống dưới đê, hệ thống đê điều... góp phần quan trọng trong việc cải tạo nền nông nghiệp phục vụ tưới tiêu, chống úng, chống hạn, nâng cao năng suất cây trồng. Tuy nhiên một số chỉ tiêu thiết kế đến nay không còn phù hợp với yêu cầu tưới tiêu. Hệ thống công trình thuỷ lợi bị xuống cấp, bồi lắng, lạc hậu, tuy nhiều công trình đã được đầu tư nâng cấp, nhưng nhìn chung còn chưa đồng bộ nên khả năng đáp ứng yêu cầu sản xuất còn nhiều hạn chế.
Trong những năm gần đây hàng loạt các dự án thủy lợi đã đầu tư nhằm hoàn chỉnh hơn quy hoạch của hệ thống thủy lợi. Trong đó nhiều dự án xây dựng trạm bơm đã được đầu tư các thiết bị đồng bộ hiện đại, như… việc vận hành các trạm bơm này đều thông qua bảng điều khiển trung tâm. Ngoài ra còn có các thiết bị hiện đại khác như đo mực nước tự động, đo nhiệt độ động cơ tự động, vớt rác tự động… Tuy nhiên, ở một số trạm bơm đội ngũ cán bộ và công nhân vận hành vẫn còn yếu về chuyên môn nghiệp vụ, không nắm bắt hết được tính năng kỹ thuật, chưa thực sự làm chủ công nghệ. Do biến đổi khí hậu, thiên tai, thời tiết diễn biến phức tạp. Hệ thống cơ sở hạ tầng sản xuất, hạ tầng xã hội tuy đã từng bước cải tạo, nâng cấp nhưng chưa đáp ứng yêu cầu, tỷ lệ cơ giới hóa chưa cao, vốn đầu tư cho nông nghiệp nói chung và ngành thủy lợi nói riêng còn hạn chế.
hiệu quả nhất của công trình bằng cách giám bớt gánh nặng cho ngân sách, tuy nhiên do công tác tuyên truyền giáo dục chưa tốt, nhận thức và giác ngộ của bộ phận người dân chưa cao, nên sự tham gia của cộng đồng, sự tham gia của người dân địa phương trong công tác quản lý còn chưa cao, chính vì vậy mà công tác quản lý khai thác các công trình thủy lợi còn gặp nhiều khó khăn.
Hệ số tưới như hiện nay đều lớn hơn các trị số quy hoạch trước đây vì:
- Hiện nay đưa vào sản xuất với nhiều giống lúa mới, năng suất cao và chế độ thâm canh, tăng vụ tận dụng thời gian và tình hình thời tiết để canh tác chủ động vì vậy công tác lấy nước tưới cần chủ động, tránh kéo dài nhất là trong thời gian ngả ải, gieo cấy cần lượng nước lớn trong thời gian ngắn. Các quy hoạch trước đây cơ cấu cây trồng là giống lúa cũ dài ngày, cao cây, cho năng suất thấp, khả năng chịu úng hạn tốt, thời gian tưới ải cũ là 30 ngày.
- Tình hình hạn hán xảy ra nhiều hơn do lượng mưa mùa khô ít hơn so với thời kỳ trước. Hệ số tiêu hiện nay cao hơn so với trước đây là do:
+ Giống lúa ngắn cây sức chịu ngập kém, dẫn tới cần tăng hệ số tiêu lên để phù hợp với nhu cầu thực tế như hiện nay.
+ Mưa lớn có xu thế tăng và có xu thế phân bổ không đều theo thời gian, diện tích canh tác do khai hoang lấn biển tăng hơn so với thời kỳ trước.