Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác tổ chức chi và kiểm soát các khoản chi thường xuyên ngân sách xã qua KBNN Khoái Châu trong thời gian qua đã bộc lộ một số hạn chế sau:
Một là, việc xây dựng dự toán chi ở các đơn vị chưa được coi trọng do vậy còn phải điều chỉnh khá nhiều trong năm, chưa tạo điều kiện cho KBNN trong thực hiện kiểm soát chi, cũng như sự chủ động điều hành ngân sách của các cơ quan quản lý. Do mục lục ngân sách xã còn phức tạp, hình thức theo dõi cấp phát, thanh toán quyết toán còn có nhiều điểm chưa phù hợp với trình độ cán bộ cấp xã hiện nay.
Mặt khác, việc giao dự toán ngân sách cho các đơn vị chưa kịp thời; đơn vị gửi dự toán đến KBNN Khoái Châu rất chậm, gây khó khăn cho KBNN và các đơn vị sử dụng NSNN những tháng đầu năm ngân sách, mặc dù Luật ngân sách và các Thông tư hướng dẫn thi hành luật nêu rất cụ thể thời gian giao dự toán. Việc chi tiêu ngân sách vẫn còn tình trạng dồn vào cuối năm.
Hai là, việc phân định trách nhiệm chưa thực sự rõ ràng, cụ thể dẫn đến tình trạng có nhiều cơ quan, đơn vị tham gia vào quá trình KSC NSNN, mặt khác công tác cải cách thủ tục hành chính và ứng dụng công nghệ tin học trong KSC
NSNN chưa đạt hiệu quả cao.
Ba là, chi thường xuyên ngân sách xã qua KBNN Khoái Châu tỷ trọng thanh toán bằng tiền mặt còn khá cao, chiếm hơn 60% số chi thường xuyên NSNN trên toàn địa bàn. Việc chấp hành qui định về sử dụng tiền mặt theo tinh thần Thông tư 33/2005/TT-BTC và gần đây ra đời Thông tư 164/2011/TT-BTC ngày 17 tháng 11 năm 2011 còn nhiều bất cập đối với xã, đặc biệt là xã ở các vùng đặc biệt khó khăn. Tình trạng này đã gây ra hậu quả xấu trên nhiều phương diện.
Bốn là, đơn vị sử dụng NSNN khi ký hợp đồng với đơn vị cung cấp hàng hóa dịch vụ nhiều khi vượt dự toán được giao hoặc vượt nguồn ngân sách được cấp, do đó khi nhà cung cấp hàng hóa dịch vụ thực hiện xong hợp đồng thì đơn vị sử dụng ngân sách không có đủ kinh phí chi trả. Nhưng hiện nay các đơn vị quản lý NSNN như cơ quan Tài chính và cơ quan KBNN vẫn chưa có chế tài để theo dõi và quản lý.
Thông tư 113/2008/TT-BTC ngày 27 tháng 11 năm 2008 thực hiện quản lý và kiểm soát cam kết chi qua Kho bạc không áp dụng đối với ngân sách xã.
Năm là, theo quy trình giao dịch “một cửa” trong KSC thường xuyên ngân sách xã tại KBNN Khoái Châu, cán bộ KSC vừa tiếp nhận hồ sơ, chứng từ vừa xử lý hồ sơ, chứng từ đó. Việc thực hiện như trên có thể dẫn đến tình trạng cán bộ KSC của KBNN Khoái Châu chưa thực hiện tốt các quy định trong giao dịch “một cửa”, cán bộ xử lý hồ sơ, chứng từ KSC có điều kiện nhũng nhiễu, phát sinh tiêu cực trong công tác KSC NSNN. Chưa có chương trình ứng dụng tin học để quản lý giao dịch theo cơ chế “ một cửa ”.
Sáu là, công tác thanh toán: hệ thống thanh toán kho bạc chưa được thích hợp với các hệ thống thanh toán khác của nền kinh tế quốc dân, nên chưa đáp ứng yêu cầu đổi mới quản lý nền kinh tế. Thanh toán liên kho bạc tuy đã được điện tử hoá, nhưng vẫn còn nhiều hệ thống riêng rẽ, chưa tổ chức thành hệ thống tập trung.
Bảy là, việc chấp hành chế độ hoá đơn chứng từ đối với cấp xã còn nhiều bất cập. (Như theo quy định khoản chi tiêu từ 200.000đ trở lên phải xuất trình hoá đơn tài chính, nhưng trên thực tế việc cung cấp hàng hoá, dịch vụ tại các xã khó khăn không thể đáp ứng được quy định trên). Mặt khác, việc chi tiêu của xã mang tính nhỏ lẻ, trình độ quản lý, công tác kế toán còn nhiều yếu kém.
Tám là, thực trạng KSC hiện nay mới chỉ dừng lại ở mức độ hướng dẫn và tư vấn hồ sơ để các đơn vị thụ hưởng ngân sách thực hiện đúng Luật, nhiều trường hợp chi sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức của Nhà nước qua kiểm soát kho bạc phát hiện từ chối thanh toán nhưng chưa được xử lý dứt điểm do chưa có chế tài tạo sự chủ quan cho ĐVSDNS, khối lượng công việc của kho bạc tăng lên đáng kể...