Yên Khánh là huyện có nền kinh tế ổn định và đang trên đà phát triển. Cơ sở hạ tầng đang được xây dựng bổ sung và hoàn thiện, đáp ứng ngày càng tốt hơn cho sản xuất và đời sống nhân dân. Cơ sở hạ tầng phục vụ cho phát triển kinh tế- xã hội nói chung và sản xuất nông nghiệp nói riêng những năm qua đã được chú ý, quan tâm đầu tư phát triển. Đầu tư cho các lĩnh vực đều tăng qua các năm, tuy nhiên cơ cấu đầu tư vẫn còn chưa thực sự hợp lý.
Huyện có tuyến QL10 chạy qua với chiều dài 12km, đây là tuyến đường nối Yên Khánh với Thành phố Ninh Bình và huyện Kim Sơn. Ngoài ra huyện còn có nhiều tuyến đường quốc lộ khác chạy qua như: 481C, 481B, 480C, 480B. Các tuyến huyện lộ, liên xã, liên thôn, hệ thống đường giao thông trong khu dân cư cơ bản đã được bê tông hoá và lát gạch tạo điều kiện thuận lợi trong sinh hoạt cũng như giao lưu kinh tế với khu vực bên ngoài.
Huyện Yên Khánh có sông Đáy chảy qua 11 xã nằm ở phía Đông huyện có tổng chiều dài 37,3km, sông Vạc chảy qua 7 xã phía Tây của huyện với chiều dài 14,6km, đây là nguồn nước tưới dồi dào cho diện tích đất nông nghiệp của
huyện. Trên địa bàn Yên Khánh, đã có 19/19 xã, thị trấn có điện lưới quốc gia, tỷ lệ số hộ dùng điện đạt 100%. Năm 2015, máy điện thoại đạt 90 máy/100 người dân và xây dựng 19 điểm bưu điện văn hoá ở các xã, thị trấn. Đội ngũ giáo viên, cán bộ quản lý đáp ứng nhu cầu giáo dục trên toàn huyện. Về y tế, ngoài bệnh viện của huyện còn có các trạm y tế của các nhà máy xí nghiệp đóng trên địa bàn và 100% xã có trạm y tế.
Mặc dù đã được quan tâm đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng. Tuy nhiên, vấn đề đặt ra là để đáp ứng tốt những yêu cầu cho phát triển kinh tế - xã hội, nông nghiệp thì điều kiện cơ sở hạ tầng như hiện nay vẫn bộc lộ nhiều hạn chế (mức đầu tư còn thấp, chưa quan tâm đến việc nâng cấp các công trình thuỷ lợi để nâng cao tỷ lệ tưới tiêu cho cây trồng, chưa đẩy mạnh, tăng cường đầu tư cho hệ thống đường liên xã và giao thông nông thôn.