Để đảm bảo quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của thủ trưởng đơn vị trong quản lý, sử dụng kinh phí và thực hiện nhiệm vụ chuyên môn, sở Công thương đề nghị sở Tài chính sớm nghiên cứu giao thêm quyền tự chủ cho đơn vị thực hiện tự chủ. Kính phí giao cho đơn vị thực hiện cơ chế tự chủ bao gồm cả kinh phí thực hiện tự chủ và kinh phí không thực hiện tự chủ đã phần nào khiến cho công tác quản lý tài chính của các đơn vị phức tạp hơn. Phần kinh phí được giao không tự chủ thì đơn vị phải thực hiện theo quy định hiện hành của Nhà nước, phần kinh phí giao tự chủ thì đơn vị phải thực hiện theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị không vượt quá các tiêu chuẩn, chế độ, định mức của cơ quan có thẩm quyền ban hành do vậy đã ảnh hưởng tới mức độ tự chủ của đơn vị.
Sở Công thương đề nghị với sở Tài chính về việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và nội dung chi: Đối với quy chế chi tiêu nội bộ ngoài các khoản mục phải thực hiện theo chế độ bắt buộc của nhà nước như chi lương, phụ cấp lương, các khoản đóng góp bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, kinh phí công đoàn, trang bị và sử dụng điện thoại cố định tại nhà riêng và điện thoại di động ... thì thủ trưởng đơn vị với quyề tự chủ, tự chịu trách nhiệm của mình được phép quy định các định mức chi có thể cao hơn hoặc thấp hơn định mức đã được nhà nước quy định. Đối với các khoản mục chi nhà nước chưa có định mức chi cụ thể, thủ trưởng đơn vị có thể xây dựng mức chi phù hợp với nhiệm vụ chuyên môn và trong phạm vi nguồn kinh phí tụ chủ được giao.
Sở Công thương đề nghị với sở Tài chính đối với kinh phí tiết kiệm được. Không hạn chế mức chi bổ sung thu nhập cho cán bộ công chức.