Năm 1997, Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh được thành lập cùng với việc chia tách, tái lập tỉnh Bắc Giang và Bắc Ninh theo Quyết định số 1133/QĐ/TCCB, ngày 14/12/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và chính thực đi vào hoạt động kể từ ngày 01/01/1997. Ban đầu Cục thuế tỉnh Bắc Ninh có 06 Chi cục thuế trực thuộc và 6 phòng chức năng thuộc văn phòng Cục, hiện nay Cục thuế tỉnh Bắc Ninh 08 Chi cục thuế trực thuộc và 13 phòng chức năng thuộc văn phòng Cục. Ban lãnh đạo Cục thuế gồm có bốn đồng chí trong đó có một Cục trưởng và 03 Phó Cục trưởng.
Tỉnh Bắc Ninh là một trong những tỉnh có điều điện giao thông thuận lợi, trong những năm gần đây tỉnh đã có các chính sách mở rộng thu hút đầu tư nước ngoài, số lượng doanh nghiệp FDI tăng dần hàng năm. Các dự án đầu tư của doanh nghiệp FDI chủ yếu tập trung vào các khu công nghiệp, cụm công nghiệp, thu hút rất nhiều lao động, tạo ra nhiều công ăn việc làm đồng thời góp phần quan trọng trong tổng thu ngân sách Nhà nước của tỉnh Bắc Ninh.
trên các địa bàn như: Huyện Yên Phong, huyện Quế võ, huyện Tiên du, thị xã Từ Sơn làm điểm nghiên cứu vì trên các địa bàn này có nhiều doanh nghiệp chế xuất nghĩa vụ thuế chủ yếu là thuế TNDN, các doanh nghiệp có những điểm chung và có sự khác biệt về đặc điểm địa bàn, kinh tế - xã hội, số lượng, cơ cấu nguồn lực, năng lực.