Dựa trên yếu tố ngưng kết hồng cầu (Hemagglutination viết tắt là HA) và trung hòa (Neuraminidase viết tắt là NA) là những kháng nguyên có vai trò trong miễn dịch bảo hộ và có tính đa dạng cao mà virus cúm type A được phân type. Đến nay, có tất cả 16 loại gen H (H1 đến H16) và 9 loại gen N (N1 đến N9), mỗi một hợp gen H và N tạo nên 1 biến chủng gây bệnh (Murphy and Webster, 1996).
Haemagglutination (HA) một đặc tính kháng nguyên quan trọng của virus cúm là khả năng gây ngưng kết hồng cầu của nhiều loại động vật mà thực chất là sự kết hợp giữa mấu lồi kháng nguyên HA trên bề mặt virus với thụ thể có trên bề mặt hồng cầu làm cho hồng cầu ngưng kết lại với nhau tạo mạng ngưng kết qua cầu nối virus. Từ đặc tính kháng nguyên này có thể sử dụng các phản ứng ngưng kết hồng cầu HA và ngăn trở ngưng kết hồng cầu HI trong việc chẩn đoán bệnh. HA là một loại kháng nguyên vừa quyết định tính kháng nguyên vừa quyết định tính độc lực của virus cúm type A, là đích của bảo vệ miễn dịch học nhằm ngăn chặn sự xâm nhiễm của virus vào cơ thể nhiễm, là cơ sở để điều chế các vaccine phòng bệnh cúm hiện nay (Bosch et al., 1982).
Neuraminidase (NA) là một enzyme có bản chất là glycoprotein mang tính kháng nguyên trên bề mặt virus cúm. Có 9 gen N trong đó N1 và N2 có liên
quan đến các vụ dịch ở người. Neuraminidase có tác dụng hỗ trợ giải phóng virus ra khỏi tế bào vật chủ. Neuraminidase cắt liên kết giữa gốc sialic acid tận cùng khỏi phân tử carbonhydrate của tế bào và virus, từ đó ngăn cản quá trình kết hợp của virus và cho phép giải phóng các hạt virus ra khỏi tế bào bị nhiễm.
Nguy hiểm nhất là kháng nguyên virus cúm type A có khả năng tổ hợp biến chủng dẫn đến sự biến đổi liên tục về tính kháng nguyên. Chúng có hai khả năng đột biến (Ito and Kawaoka, 1998).Do hạt virus cúm A có cấu trúc là 8 đoạn gen nên về lý thuyết từ 2 virus có thể xuất hiện 256 kiểu tổ hợp của virus thế hệ sau (Trần Hữu Cổn và Bùi Quang Anh, 2004).
Khi phân tích 156 chủng virus cúm A lưu hành trong thời kỳ 1999 - 2004 tại New York, các nhà khoa học đã phát hiện một số chủng thay đổi ít nhất 4 lần trong một thời gian ngắn. Điều đó cho thấy các chủng virus cúm có thể biến đổi lớn trong mỗi mùa, gây khó khăn lớn cho công tác phòng chống. Khi nghiên cứu di truyền học của virus H5N1 các nhà khoa học của Việt Nam cũng nhận thấy chúng có nhiều thay đổi. Trong các đàn vịt nuôi của Việt Nam không chỉ mang virus Cúm gia cầm H5N1 mà còn có nhiều loại virus Cúm gia cầm khác như H3, H4, H7, H8, H9 và H11 (Nguyễn Tiến Dũng, 2004).