- Cần quy định thống nhất về tổ chức của tổ chức Pháp chế - Thanh tra của các đơn vị tương đương Tổng cục như Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương theo hướng tách riêng phòng tiếp dân và giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng Pháp chế và phòng nghiệp vụ thanh tra thành những phòng riêng. Tổ chức theo hướng này cũng phù hợp với nhiệm vụ của các cơ quan được giao
nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành được giao giúp cơ quan quản lý nhà nước cấp trên về thực hiện công tác Pháp chế, công tác tiếp dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của Luật Tiếp công dân, Luật Khiếu nại và Luật Tố cáo. Đồng thời, phòng nghiệp vụ thanh tra dành hoàn toàn thời gian thực hiện công tác thanh tra theo kế hoạch, thường xuyên và đột xuất.
Bên cạnh đó, có văn bản pháp luật quy định về biên chế tối thiểu cho cơ quan thanh tra chuyên ngành trên cơ sở căn cứ số lượng đầu mối quản lý nhà nước về thi đua, khen thưởng của Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương.
- Kế hoạch thanh tra hàng năm của Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương được xây dựng và Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê duyệt từ cuối năm trước phải có đối tượng thanh tra cụ thể. Quy định này không phù hợp với thanh tra chuyên ngành, bởi lẽ hoạt động thanh tra chuyên ngành phải được tiến hành thường xuyên, gắn liền với việc thực hiện nhiệm vụ về chuyên môn, nghiệp vụ; phát hiện, ngăn chặn, xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật.
- Sớm ban hành văn bản quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thi đua, khen thưởng, trong đó cần có một số nội dung cơ bản sau: Các hành vi vi phạm bị xử phạt hành chính; hình thức xử phạt; mức phạt; thẩm quyền xử phạt; trình tự, thủ tục xử phạt vi phạm hành chính...
- Bộ luật Hình sự cần sửa đổi, bổ sung điều chỉnh về các tội danh để tương thích với những hành vi bị nghiêm cấm được quy định tại Điều 96 Luật thi đua, khen thưởng:
“1. Người nào gian dối trong việc kê khai thành tích để được khen thưởng thì bị hủy bỏ quyết định khen thưởng và bị thu hồi hiện vật và tiền thưởng đã nhận; tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà còn bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
2. Cá nhân xác nhận sai sự thật hoặc làm giả hồ sơ, giấy tờ cho người khác để đề nghị khen thưởng; người lợi dụng chức vụ quyền hạn quyết định khen thưởng trái pháp luật thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật” [43]
- Các thời hạn trong hoạt động thanh ra đều quy định chung là “ngày”. Tuy nhiên thực tiễn thi hành ở các đoàn thanh tra của các bộ, ngành, địa phương không thống nhất, có nơi áp dụng là “ngày làm việc”, có nơi áp dụng là “ngày liên tiếp theo lịch” nên thời gian thanh tra thực tế tại đơn vị của một số đoàn thanh tra chưa thống nhất.
- Luật Thanh tra quy định trong thời hạn 15 ngày, quyết định thanh tra phải được công bố cho đối tượng thanh tra và phải được lập biên bản, nhưng qua thực tế khi thực hiện gặp nhiều khó khăn, như một cuộc thanh tra có nhiều đối tượng thanh tra và nằm ở các địa bàn rộng, các đơn vị hành chính lại xa trung tâm, đặc biệt đối với miền núi, biên giới đi lại khó khăn, không thể triệu tập tất cả các đối tượng thanh tra để công bố quyết định thanh tra gây khó khăn, phiền hà, tốn kém về kinh phí, phương tiện đi lại của đối tượng thanh tra. Ngoài ra, thời gian tiến hành một cuộc thanh tra trực tiếp tại đơn vị thuộc, trực thuộc các bộ, ngành, địa phương của Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương thường rất ngắn (chỉ 01 buổi/đơn vị), do đó thủ tục tiến hành công bố quyết định thanh tra là không cần thiết phải lập thành biên bản công bố riêng.
- Việc giao thanh tra viên tiến hành độc lập chưa có hướng dẫn cụ thể, như: chưa có quy định về trình tự, cách thức thực hiện thanh tra độc lập, giám sát hoạt động của công chức thanh tra chuyên ngành độc lập nên chưa có sự thống nhất thực hiện phương thức thanh tra này trong hoạt động thanh tra chuyên ngành.