Hoạt động thanh tra của Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương được tổ chức thành Đoàn thanh tra, thành phần gồm có Trưởng đoàn thanh tra, Thanh tra viên, thành viên Đoàn thanh tra, công chức được giao thực hiện thanh tra chuyên ngành và chủ yếu thực hiện thanh tra theo kế hoạch được Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê duyệt hàng năm.
nhìn chung diễn ra theo quy trình sau đây:
* Chuẩn bị thanh tra
Công tác chuẩn bị giúp cho hoạt động thanh tra diễn ra thuận lợi, chủ động, có mục tiêu rõ ràng. Các công việc chuẩn bị cho cuộc thanh tra bao gồm những hoạt động chuẩn bị trước khi ban hành quyết định thanh tra và sau khi ban hành quyết định thanh tra.
Trước khi ban hành quyết định thanh tra, Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương tiến hành thu thập các thông tin về đối tượng thanh tra và xây dựng kế hoạch cuộc thanh tra. Nguồn thông tin có thể được thu thập từ báo cáo, dữ liệu của các cơ quan, từ phản ánh của cơ quan truyền thông hoặc từ khiếu nại, tố cáo của cơ quan, tố chức, cá nhân. Trên cơ sở phân tích những thông tin thu thập được đề xuất những nội dung cần thanh tra và xây dựng kế hoạch thanh tra. Kế hoạch thanh tra gồm những nội dung cơ bản như: mục đích, yêu cầu cuộc thanh tra, nội dung thanh tra, danh sách các tổ chức, đơn vị, cá nhân được thanh tra, xác minh, thời hạn thanh tra, đề xuất nhân sự đoàn thanh tra hoặc thanh tra viên tiến hành thanh tra độc lập.
Sau khi quyết định thanh tra được Trưởng ban, Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương ban hành, trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm tổ chức họp đoàn thanh tra để quán triệt kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt, bàn các biện pháp cụ thể để tổ chức thực hiện kế hoạch, giao nhiệm vụ cho từng thành viên, thống nhất phương pháp tiến hành. Đoàn thanh tra hoặc thanh tra viên độc lập phải chuẩn bị đầy đủ các văn bản pháp luật, các chính sách, chế độ liên quan đến nội dung thanh tra; chuẩn bị phương tiện, thiết bị, kinh phí và những điều kiện vật chất cần thiết khác phục vụ cho hoạt động thanh tra.
* Ban hành quyết định thanh tra
Trưởng ban, Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương ra quyết định thanh tra và thành lập đoàn thanh tra (hoặc quyết định thanh tra viên độc lập, người được giao nhiệm vụ thanh tra) để thực hiện quyết định thanh tra. Ban hành quyết định thanh tra căn cứ vào kế hoạch thanh tra, khi có yêu cầu của thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, có dấu hiệu vi phạm pháp luật, yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng.
Thông thường Trưởng ban, Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương là người phê duyệt kế hoạch cuộc thanh tra. Trường hợp thanh tra có nội dung đơn giản, thanh tra đột xuất, quyết định thanh tra được ban hành trước khi có kế hoạch thanh tra, sau khi có quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra (hoặc thanh tra viên, người được giao thanh tra) xây dựng kế hoạch thanh tra trình người ra quyết định thanh tra phê duyệt.
* Tiến hành thanh tra
Trong quá trình thanh tra, đoàn thanh tra, thanh tra viên, người được giao thanh tra tiến hành các công việc sau: thu thập và nghiên cứu, phân tích, so sánh, đối chiếu, kiểm tra, xác định tính hợp pháp, hợp lý, trung thực của các tài liệu, số liệu, thông tin. Tài liệu, số liệu được thu thập, sử dụng trong quá trình thanh tra được bảo quản, khai thác, sử dụng đúng mục đích. Nếu cần giữ nguyên trạng, trưởng đoàn thanh tra ra quyết định niêm phong một phần hoặc toàn bộ tài liệu.
Đối với những sự việc, tài liệu chưa rõ, chưa đủ cơ sở kết luận, thì yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình bằng văn bản có chữ ký của người giải trình. Trong trường hợp cần thiết có thể tổ chức đối thoại, chất vấn đối tượng thanh tra, cá nhân, tổ chức để làm rõ thêm nội dung vụ việc.
Để làm rõ thêm về đối tượng thanh tra, các tài liệu, số liệu thì trưởng đoàn, thanh tra viên có thế quyết định thẩm tra, xác minh.
Trong quá trình thanh tra, đoàn thanh tra, thanh tra viên có thể làm việc với cơ quan chủ quản của đối tượng thanh tra về những sự việc liên quan đến việc chỉ đạo, quản lý (nếu không đến làm việc trực tiếp thì có yêu cầu bằng văn bản). Nếu có phản ánh của cá nhân, tổ chức liên quan đến đối tượng, nội dung thanh tra thì đoàn thanh tra, thanh tra viên có thể làm việc trực tiếp với cá nhân, tổ chức đã phản ánh vụ việc.
Với những vấn đề về chuyên môn, kỹ thuật của các lĩnh vực khác nhau mà đoàn thanh tra không đủ khả năng kết luận thì Trưởng đoàn thanh tra, thanh tra viên báo cáo người ra quyết định thanh tra quyết định trưng cầu giám định theo quy định của pháp luật.
* Kết thúc thanh tra
Sau khi kết thúc thanh tra, trưởng đoàn thanh tra, thanh tra viên độc lập phải có báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra gửi người ra quyết định thanh tra. Báo cáo kết quả thanh tra phản ánh đầy đủ những nội dung công việc đã thực hiện, những nội dung chưa tiến hành hoặc tiến hành ngoài quyết định và kế hoạch được duyệt, nguyên nhân; những ý kiến không thống nhất của đối tượng thanh tra hoặc của thành viên đoàn thanh tra; những đề xuất về chính sách, chế độ và quản lý. Mỗi nội dung kết luận phải nêu rõ sự việc, căn cứ đúng, sai, nguyên nhân, trách nhiệm, hình thức xử lý, thời hạn chấp hành.
Báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra phải có đầy đủ ý kiến tham gia bằng văn bản của các thành viên trong đoàn thanh tra. Ý kiến tham gia phải khẳng định có đồng ý hay không đồng ý với báo cáo, dự thảo kết luận của Trưởng đoàn về nội dung công việc của bản thân mình trực tiếp làm và các nội dung do người khác thực hiện; trường hợp không đồng ý thì phải nêu rõ nguyên nhân, căn cứ.
Trong quá trình ra kết luận, Trưởng ban, Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương có thể yêu cầu trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra hoặc đối tượng thanh tra giải trình để làm rõ thêm những vấn đề liên quan hoặc có thể tổ chức làm việc với đối tượng thanh tra về dự thảo kết luận thanh tra hoặc gửi dự thảo kết luận thanh tra yêu cầu đối tượng thanh tra trả lời bằng văn bản, nêu rõ những nội dung chưa thống nhất, nguyên nhân và chứng cứ.
Trường hợp cần thiết, có thể yêu cầu tiến hành thanh tra bổ sung để có đủ căn cứ kết luận.
Kết luận thanh tra phải được công khai (Khoản 3 Điều 27 Nghị định số 07/2012/NĐ-CP ngày 09/02/2012 của Chính phủ quy định việc công bố Kết luận thanh tra chuyên ngành như sau: “Người ra quyết định thanh tra có trách nhiệm tổ chức việc công bố kết luận thanh tra. Trường hợp cần thiết có thể ủy quyền cho Trưởng đoàn thanh tra công bố kết luận thanh tra”)[15] bằng một trong các hình thức: công bố tại cuộc họp giữa người ra quyết định thanh tra, tổ chức họp báo; thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng, niêm yết tại trụ sở làm việc của cơ quan, tổ chức là đối tượng thanh tra; cung cấp theo yêu cầu của cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan. Người ra quyết định thanh tra có trách nhiệm cung cấp kết luận thanh tra cho cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan khi có yêu cầu.
* Thực hiện kết luận thanh tra
Đối tượng thanh tra, cơ quan quản lý nhà nước, các cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan có trách nhiệm thực hiện kết luận thanh tra, có thể bao gồm những hoạt động sau: Xử lý, yêu cầu hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý vi phạm của cơ quan, tổ chức, cá nhân; xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, viên chức; áp dụng, yêu cầu hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền áp dụng biện pháp khác phục, hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật; yêu cầu bồi thường thiệt hại.