UBND Quận 12 tổ chức hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ, làm việc theo chế độ thủ trưởng gồm có: 01 Chủ tịch; 02 Phó Chủ tịch và 5 Ủy viên.
Hiện nay, hệ thống tổ chức của UBND Quận 12 có 12 phòng chuyên môn:
1. Văn phòng HĐND và UBND: Là cơ quan tham mưu, giúp việc, phục vụ hoạt động của HĐND và UBND Quận 12.
2. Phòng Nội vụ: Tham mưu, giúp UBND Quận 12 quản lý nhà nước về: tổ chức; biên chế các cơ quan hành chính, sự nghiệp nhà nước; cải cách hành chính; chính quyền địa phương; địa giới hành chính; cán bộ, công chức nhà nước; hội, tổ chức phi chính phủ; văn thư, lưu trữ nhà nước; tôn giáo; thi đua - khen thưởng.
3. Phòng Kinh tế: Có chức năng tham mưu, giúp UBND Quận 12 thực hiện quản lý nhà nước về các lĩnh vực: tiểu thủ công nghiệp; khoa học và công nghệ; công nghiệp; thương mại; dịch vụ; quản lý năng lượng; đăng ký kinh doanh; tổng hợp, thống nhất quản lý về kinh tế hợp tác xã, kinh tế tập thể, kinh tế tư nhân…
4. Phòng Y tế: Quản lý nhà nước về y tế trên địa bàn theo phân cấp, triển khai thực hiện kế hoạch thanh kiểm tra hành nghề y, dược tư nhân và thanh kiểm tra vệ sinh an tòan thực phẩm và thực hiện chính sách kế hoạch hóa gia đình trên địa bàn quận.
5. Phòng Giáo dục và Đào tạo: Có nhiệm vụ là tham mưu cho Thường trực UBND Quận 12 về công tác giáo dục.
6. Phòng Tài nguyên – Môi trƣờng: Tham mưu, thực hiện các chức năng quản lý nhà nước về: tài nguyên đất; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản; môi trường; khí tượng, thủy văn; đo đạc và bản đồ trên địa bàn quận và thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự ủy quyền của UBND và theo quy định của pháp luật.
7. Phòng Lao động Thƣơng binh – Xã hội: Quản lý nhà nước về các lĩnh vực: lao động; việc làm; dạy nghề; tiền lương; tiền công; bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất
nghiệp; an toàn lao động; người có công với nước; bảo trợ xã hội, Người cao tuổi; bảo vệ và chăm sóc trẻ em; Bình đẳng giới phòng, chống tệ nạn xã hội…
8. Phòng Văn hóa – Thông tin: Tham mưu, giúp UNBD quận quản lý nhà nước về các văn hóa, thể thao, du lịch và gia đình và lĩnh vực thông tin và truyền thông.
9. Phòng Quản lý đô thị:Tham mưu, quản lý nhà nước về: xây dựng; kiến trúc; quy hoạch xây dựng; phát triển đô thị; nhà ở; vật liệu xây dựng; giao thông; hạ tầng kỹ thuật đô thị theo phân cấp quản lý, quản lý nhà sở hữu nhà nước…
10. Phòng Tài chính – Kế hoạch: Tham mưu, thực hiện quản lý về: tài chính ngân sách, tài sản, giá, kế hoạch, đầu tư xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước và đầu tư bằng nguồn vốn ngoài ngân sách theo quy định của pháp luật.