Agribank là NHTM Nhà nước hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước. Agribank có cơ cấu tổ chức theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên bao gồm: Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc, Ban kiểm soát, Các ban chuyên môn nghiệp vụ giúp việc tại Trụ sở chính, các đơn vị thành viên (Sở giao dịch, các Chi nhánh loại I, loại II, Chi nhánh nước ngoài, văn phòng đại diện, đơn vị sự nghiệp, công ty con).
Hiện nay, Agribank có hơn 2.300 chi nhánh và phòng giao dịch được kết nối trực tuyến trên toàn quốc, và số lượng KH đông đảo với hơn 10 triệu hộ nông dân và 30 nghìn doanh nghiệp. Agribank luôn chú trọng mở rộng mạng lưới khắp xuống các huyện, xã nhằm tạo điều kiện cho KH ở mọi vùng, miền đất nước dễ dàng tiếp cận với nguồn vốn ngân hàng. Mạng lưới hoạt động rộng khắp góp phần tạo nên thế mạnh vượt trội của Agribank trong việc nâng cao sức cạnh tranh trên thị trường.
Agribank đã mở rộng mạng lưới ra nước ngoài vào năm 2010 khi chính thức khai trương chi nhánh đầu tiên tại vương quốc Campuchia. Đặc biệt, Agribank đã tiến hành ký kết thoả thuận hợp tác với Ngân hàng Phongsavanh (Lào), Ngân hàng ACLEDA (Campuchia), Ngân hàng Nông nghiệp Trung Quốc (ABC), Ngân hàng Trung Quốc (BOC), Ngân hàng kiến thiết Trung Quốc (CCB), Ngân hàng Công thương Trung Quốc (ICBC) triển khai thực hiện thanh toán biên mậu, đem lại nhiều lợi ích cho đông đảo KH.
Agribank hiện có 9 công ty trực thuộc, bao gồm: Tổng Công ty Vàng Agribank (AJC), Công ty in thương mại và dịch vụ (PPC), Công ty Cổ phần chứng khoán (Agriseco), Công ty Du lịch thương mại (Agribanktour), Công ty Vàng bạc đã quý TP Hồ Chí Minh (VJC), Công ty Cổ phần bảo hiểm (ABIC), Công ty cho thuê Tài chính I (ALC I), Công ty cho thuê Tài chính II (ALC II), Công ty Kinh doanh lương thực và đầu tư phát triển.