Trọng tâm của công tác này là xác định đúng trường hợp và điều kiện được miễn giảm thuế của doanh nghiệp. Do đó cần chú ý một số trường hợp sau:
- Quản lí số đối tượng nằm trong diện được miễn giảm thuế. Kiểm tra nắm rõ thời điểm thành lập,thời gian hoạt động, loại hình kinh doanh,phương thức hoạt động…của doanh nghiệp.
- Đối chiếu ngành nghề kinh doanh, địa bàn kinh doanh, số lượng lao động ghi trong chứng nhận đăng kí kinh doanh với các qui định trong luật thuế thu nhập doanh nghiệp để xác đinh thuế suất và thời hạn miễn giảm thuế. Kiểm tra số năm được miễn giảm thuế, mức giảm thuế.
Cục thuế đã thực hiện tốt công tác quản lý chế độ miễn giảm: có sự kết hợp giữa các bộ phận trong việc kiểm tra tiến hành miễn giảm thuế bao gồm phòng kiểm tra, phòng nghiệp vụ, phòng kê khai. Công tác kiểm tra, đối chiếu giữa qui định miễn giảm thuế với thực tế việc miễn giảm để phát hiện ra những trường hợp vi phạm được tăng cường. Kiểm tra các hồ sơ miễn giảm thuế TNDN, thực hiện các thủ tục miễn giảm thuế, trình lãnh đạo Cục thuế ra quyết định, đối với các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế TNDN không thuộc thẩm quyền của Cục thuế đã được trình cho cơ quan thuế cấp trên giải quyết theo qui định.
Trong những năm qua Cục thuế thực hiện việc miễn thuế TNDN cho các doanh nghiệp mới thành lập, các doanh nghiệp thuộc các ngành khuyến khích sản xuất kinh doanh
theo qui định của pháp luật. Nhìn chung, có khá ít DN NQD làm hồ sơ đề nghị được ưu đãi miễn, giảm về thuế TNDN tại Cục Thuế. Dù vậy trong thực tế vẫn có khả năng có DN thuộc diện được hưởng miễn giảm thuế TNDN, tuy nhiên bản thân DN chưa biết đến hoặc chưa nắm chắc chính sách ưu đãi của nhà nước nên không làm thủ tục miễn giảm. Để đảm bảo đầy đủ quyền lợi của DN, khuyến khích các DN NQD đầu tư vào các lĩnh vực phù hợp với định hướng phát triển kinh tế- xã hội của đất nước, công tác tuyên truyền hỗ trợ về chính sách ưu đãi thuế TNDN của Cục Thuế cần được chú trọng hơn.