- Phát triển chưa thực sự bền vững, việc chuyển dịch cơ cấu sản xuất trong nông nghiệp còn chậm, chủ yếu là sản xuất nhỏ, phân tán. Các hình thức tổ chức sản xuất đã được hình thành song chưa phát huy được hiệu quả do đó chất lượng sản phẩm còn thấp chưa đáp ứng yêu cầu thị trường; năng lực sản xuất và thị trường đầu ra sản phẩm gặp nhiều khó khăn. Vấn đề an toàn vệ sinh thực phẩm trong sản xuất còn chưa được chú trọng.
- Tiểu thủ công nghiệp và ngành nghề nông thôn tuy có sự tăng trưởng khá song tính ổn định chưa cao, quy mô sản xuất còn nhỏ lẻ, sản phẩm, chất lượng còn thấp, chưa đa dạng về chủng loại cũng như mẫu mã, sản phẩm chủ yếu tiêu thụ trong huyện, sản phẩm chưa đủ sức cạnh tranh vươn ra thị trường ngoài. Công nghệ thiết bị còn lạc hậu, một số chủ sản xuất còn thiếu thông tin về thị trường và xúc tiến thương mại.
- Tăng trưởng nông nghiệp chủ yếu vẫn th o chiều rộng thông qua tăng diện tích, tăng vụ, dựa trên các yếu tố vật chất đầu vào cho sản xuất (lao động, vốn, vật tư) và nguồn lực tự nhiên, nên mới chỉ tạo ra được khối lượng nhiều, giá thành rẻ nhưng giá trị thu nhập thấp.
- Chính sách khuyến khích hỗ trợ sản xuất nông nghiệp chủ yếu tập trung hỗ trợ trực tiếp cho nông dân, phục vụ mục tiêu xóa đói giảm nghèo, nâng cao thu nhập, chưa quan tâm chính sách liên kết tiêu thụ sản phẩm, khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào sản xuất nông nghiệp nông thôn.
- Năng lực một số cán bộ còn hạn chế; việc cụ thể hóa nghị quyết ở một số nơi còn lúng túng, nhất là trong chỉ đạo thực hiện phong trào chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, nông thôn.
- Sản xuất chưa gắn kết được các khâu chế biến và tiêu thụ sản phẩm. Các sản phẩm sản xuất chủ yếu bán thô, chưa qua chế biến nên giá trị thấp và thường bị ép giá khi được mùa.
- Hệ thống kết cấu hạ tầng như thủy lợi, cơ sở sản xuất, dịch vụ, chế biến, bảo quản nông sản.... chưa đáp ứng được yêu cầu sản xuất, chưa đầu tư đồng bộ cho các dự án, đề án sản xuất hàng hóa, nên chưa hình thành được những vùng sản xuất chuyên canh quy mô lớn.
- Việc triển khai thực hiện các nội dung trọng tâm về xây dựng NTM ở nhiều xã còn hạn chế; một số mục tiêu đề ra, nhưng chưa có kế hoạch đảm bảo nguồn lực, chưa có nhiều giải pháp tích cực, sáng tạo, quyết liệt trong tổ chức thực hiện.
- Việc phát triển sản xuất, nâng cao thu nhập cho người dân ở nhiều địa phương còn khó khăn chưa được quan tâm đúng mức, kết quả chưa cao. Chưa có nhiều mô hình sản xuất hiệu quả, phát triển các hình thức tổ chức sản xuất, liên kết phát triển sản xuất hàng hóa còn hạn chế.
- Đầu tư các công trình cơ sở hạ tầng tăng do giá vật liệu, cước vận chuyển tăng cao; địa hình phức tạp, dân cư sống không tập trung,... và cơ chế hỗ trợ nguồn vốn thay đổi. - Thiên tai, biến đổi khí hậu liên tiếp xảy ra tác động lớn đến phát triển sản xuất và ảnh hưởng đến tiến độ đầu tư cơ sở hạ tầng nông thôn.