Thứ nhất, hệ thống thông tin phục vụ cho công tác phân tích BCTC vẫn còn tồn tại nhiều bất cập, chưa đầy đủ và thiếu chính xác. Các khoản mục dự phòng không phản ánh đầy đủ bản chất của hiện tượng. Điều này ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng công tác phân tích của nhà quản trị. Bên cạnh đó, trong thuyết minh BCTC, NH cũng chưa giải trình cụ thể nhiều nội dung trọng yếu phục vụ cho công tác phân tích BCTC của nhà quản trị như các báo cáo tài sản và nợ phải trả theo kì đáo hạn thực tế, báo cáo trạng thái ngoại hối, chi tiết về những thay đổi dự phòng...Những tồn tại này gây ảnh hưởng bất lợi cho việc phân tích của nhà quản trị.
Thứ hai, các phương pháp phân tích mà nhà quản trị sử dụng là chưa đa dạng. Một số phương pháp phân tích thể hiện bản chất và nguyên nhân của hiện tượng chưa được sử dụng như phương pháp thay thế liên hoàn, phương pháp Dupont.. .Thực tế này làm cho việc đánh giá của nhà quản trị chưa sâu, chưa sát, chưa mang tính thực thi cao.
Thứ ba, các chỉ tiêu phân tích mà NH sử dụng vẫn chưa đầy đủ. Một số chỉ tiêu có ảnh hưởng lớn đến việc hoạch định chính sách của NH vẫn chưa được đề cập trong khi phân tích như chỉ tiêu đánh giá về độ ổn định của nguồn vốn huy động (tỉ lệ biến động nguồn tiền gửi..), chỉ tiêu đánh giá về chi phí nguồn vốn huy động, chỉ tiêu đánh giá hiệu quả sử dụng vốn, các chỉ tiêu thể hiện chất lượng tín dụng ( tỷ trọng dư nợ có tài sản đảm bảo, không có tài sản đảm bảo, mức độ rủi ro trên dư nợ có tài sản đảm bảo, không có tài sản đảm bảo, chi phí dự phòng phải trích đối với dư nợ có tài sản đảm bảo, không có tài sản đảm bảo), các chỉ tiêu kiểm soát chi phí. Các chỉ tiêu đo lường khả năng thanh khoản của ngân hàng không được sử dụng dẫn đến việc dự trữ tiền lúc thừa, lúc thiếu gây lãng phí nguồn vốn hoặc chậm trễ khi chi trả cho khách do mất thời gian điều vốn từ Hội sở chính để chi trả.
Thứ tư, công tác phân tích các khoản mục ngoại bảng như: nợ đã xử lý rủi ro, lãi nợ đã xử lý rủi ro chưa được đề cập tới trong phân tích BCTC.
Thứ năm, việc phân tích BCTC của NH được tiến hành định kì theo năm, chưa thường xuyên và còn mang tính hình thức, chưa phục vụ nhiều cho công tác quản trị NH. Đây cũng là tình trạng chung của một số NHTM VN hiện nay.