hưởng đến công tác quản lý tài chính
Doanh nghiệp quản lý khai thác công trình thủy lợi hay còn gọi là Công ty TNHH MTV KTCTTL. Là công ty trách nhiệm hữu hạn do Nhà nước sở hữu toàn bộ vốn điều lệ, được tổ chức quản lý và đăng ký hoạt động theo quy định của Luật Doanh Nghiệp.
Với các công ty thủy lợi, đặc thù sản phẩm là dịch vụ công ích phục vụ nông nghiệp, nông dân, nông thôn vì mục đích an sinh xã hội. Giá cả dịch vụ sản phẩm thủy lợi là do Nhà nước quy định. Các công ty hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, nguồn thanh toán cho các sản phẩm của các công ty phần lớn do ngân sách nhà nước (NSNN) cấp phát.
Bên cạnh sản phẩm dịch vụ công ích thủy lợi, một số DN thực hiện các hoạt động liên quan như tư vấn thiết kế xây dựng, giám sát xây dựng thi công một số công trình xây dựng như giao thông, thủy lợi, hạ tầng kỹ thuật. Ngoài ra, một số DN làm nhiệm vụ
cung cấp nước cho nhà máy thủy điện, nhà máy nước phục vụ nước sinh hoạt, nuôi trồng thủy sản, trồng rau sạch…
Từ năm 2008, Nhà nước thực hiện chính sách miễn thu thủy lợi phí. Theo đó, mức thu thủy lợi phí được Chính phủ quy định chỉ một mức giá (cũng là mức cấp bù) đối với từng biện pháp tưới tiêu, từng vùng, diện tích và được hỗ trợ toàn bộ từ NSNN. Mục tiêu thực hiện chính sách miễn thu thủy lợi phí là để thực hiện chính sách an sinh xã hội để người nông dân giảm bớt chi phí sản xuất, có tích lũy để đầu tư vào lĩnh vực nông nghiệp. NSNN cấp bù phần thủy lợi phí được miễn để chi cho các đơn vị làm nhiệm vụ tưới tiêu nước, quản lý khai thác công trình thủy lợi thực hiện duy tu, bảo dưỡng, vận hành công trình thủy lợi thay vì người dân phải nộp.
Hàng năm, trên cơ sở dự toán kinh phí đã được Quốc hội phê duyệt, Bộ Tài chính giao dự toán thu chi ngân sách cho Bộ NN&PTNT và UBND các tỉnh. Trên cơ sở quản lý hệ thống các công trình thủy lợi, Bộ NN&PTNT thực hiện giao kế hoạch cho các công ty thủy nông thuộc bộ, UBND các tỉnh thực hiện giao kế hoạch hoặc đặt hàng cho các công ty thuộc tỉnh trên diện tích, biện pháp tưới tiêu, mức thu và các khoản trợ cấp, trợ giá, hỗ trợ tài chính theo quy định.
Về kết quả hoạt động kinh doanh, các công ty thủy nông đều có lợi nhuận rất thấp vì kinh phí cấp bù do miễn thu thủy lợi phí mục tiêu là để cho công trình; còn lại lợi nhuận chủ yếu là kết quả kinh doanh của khai thác tổng hợp. Một số DN sử dụng kết quả kinh doanh khai thác tổng hợp để bù đắp cho chi phí hoạt động công ích. Tuy nhiên vẫn còn rất nhiều DN vẫn bị lỗ, nguyên nhân là do khoản kinh phí cấp bù miễn thu thủy lợi phí còn thấp chưa đủ bù đắp chi phí hoạt động công ích của các công ty thủy nông. Ngân sách các địa phương không thực hiện các cơ chế trợ cấp, trợ giá, hỗ trợ tài chính cho các DN.