Có nhiều nhân tố ảnh hưởng tới công tác thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng tựu chung lại có thể phân thành hai nhóm: Nhóm nhân tố chủ quan và nhóm nhân tố khách quan.
1.2.6.1 Nhóm nhân tố chủ quan
Nhân tố chủ quan xuất phát từ chủ thể quản lý thu thuế XNK, đó là cơ quan hải quan bao gồm lãnh đạo và cán bộ thu thuế và Doanh nghiệp kinh doanh XNK.
- Trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ hải quan: Nếu cán bộ hải quan được đào tạo tốt, nắm chắc pháp luật, chuyên môn nghiệp vụ, được đào tạo thì công tác thu thuế sẽ hiệu quả hơn. Ngược lại nếu thiếu kiến thức chuyên môn, không nắm vững luật pháp và các quy định của ngành Hải quan thì không thế thực hiện tốt công tác thu thuế được.
- Thu nhập của cán bộ hải quan dù được Nhà nước quan tâm nhưng còn khá thấp, đời sống vẫn còn khó khăn, trong quá trình kiểm tra hàng hóa, hóa đơn chứng từ, thu thuế,... không tránh khỏi bị đối tượng kinh doanh dùng lợi ắch vật chất mua chuộc, bỏ qua các hành vi vi phạm pháp luật của đối tượng kinh doanh XNH dẫn đến thất thu thuế.
- Một số doanh nghiệp có ý thức chấp hành pháp luật Hải quan và pháp luật về thuế chưa cao; các hành vi gian lận, trốn thuế ngày càng tinh vi gây ảnh hưởng lớn đến công tác quản lý thu thuế.
- Điều kiện kinh tế vĩ mô của Việt Nam thay đổi hay những biến động kinh tế quốc tế mà Việt Nam nằm trong vùng ảnh hưởng sẽ có tác động không nhỏ tới việc chấp hành pháp luật về thuế của doanh nghiệp, tổ chức hay cá nhân và và công tác quản lý thu thuế của các cơ quan quản lý nhà nước, trong đó có cơ quan Hải quan.
- Do đặc điểm địa lý, địa hình, khu vực nới cơ quan hải quan quản lý các đơn vị kinh doanh XNK khá phức tạp dẫn đến công tác kiểm tra hàng hóa XNK khó khăn hơn. Các đối tượng buôn lậu dễ lợi dụng địa hình phức tạp, khó quản lý (trà trộn hàng vận chuyển trong nước với hàng xuất khẩu, nhập khẩu) để vận chuyển háng hóa trái phép qua biên giới gây thất thu thuế cho Ngân sách Nhà nước.
- Do trình độ văn hóa, ý thức chấp hành pháp luật của các đơn vị kinh doanh XNK chưa cao làm cho công tác quản lý thu thuế gặp nhiều khó khăn.
- Do chắnh sách pháp luật về thuế thường xuyên thay đổi mà cơ chế quản lý chưa đồng bộ, chưa hỗ trợ cho công tác thu thuế. Nhiều cơ chế chắnh sách, quy định của Nhà nước thông thoáng mà chưa chặt chẽ dẫn đến sơ hở để cho các doanh nghiệp kinh doanh lợi dụng.
Việc quản lý doanh nghiệp sau khi thành lập cũng đang bị buông lỏng, cơ quan có thẩm quyền cấp phép thực chất mới thực hiện việc cấp đăng ký kinh doanh nhưng chưa quản lý được doanh nghiệp sau khi thành lập. Nhiều doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhưng các cơ quan quản lý không nắm được, gây nhiều khó khăn cho công tác thu thuế.
Chắnh sách quản lý tiền tệ còn nhiều sơ hở, các doanh nghiệp khá tự do thanh toán bằng tiền mặt, kể cả thanh toán ngoại thương. Tình hình thực tế hiện nay, các cơ sở kinh doanh tự do thanh toán bằng tiền mặt, không khống chế giá trị giao dịch, mọi tổ chức cá nhân đều có tiền mặt để thanh toán. Một số doanh nghiệp còn lợi dụng bằng cách lập hóa đơn ghi không đúng giá trị thanh toán, ghi tăng chi phắ,... gây nhiều khó khăn cho công tác thu thuế của cơ quan hải quan.
Sự kết hợp giữa cơ quan thuế, Kho bạc và Hải quan nếu tốt sẽ tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho việc nộp thuế vủa đối tượng nộp thuế và công tác quản lý thu thuế của cơ
quan Hải Quan.