- Nguyên tắc tập trung dân chủ: Bảo đảm đầy đủ các quy định trong các văn bản pháp luật về thuế trong quá trình triển khai các biện pháp hoàn thiện công tác thu thuế; Thống nhất quy trình, nghiệp vụ hoàn thiện công tác thu thuế và vận dụng thống nhất các văn bản pháp luật về thuế; Thống nhất về trình tự, thời gian, yêu cầu và hình thức mẫu biểu trong lập dự toán và quyết toán thuế; Thống nhất việc chỉ đạo thu thuế từ Trung ương đến địa phương; Phát huy tắnh chủ động, linh hoạt của cơ sở trong việc khai thác nguồn thu từ thuế và xây dựng quy trình thu thuế. Hoàn thiện công tác thu thuế đối với hàng hóa XNK phải tuân theo nguyên tắc tập trung dân chủ, nhằm tạo thuận lợi cho công tác quản lý và đảm bảo công bằng cho tất cả các đối tượng nộp thuế.
- Nguyên tắc công khai minh bạch: Công khai trong hoàn thiện công tác thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là công khai quy trình, thủ tục nộp thuế, thu thuế XK, thuế NK. Nếu công khai trong quy trình thu nộp thuế XK, thuế NK thì mọi đối tượng nộp thuế có thể nắm rõ được những việc cần phải làm và từ đó sẽ thuận lợi và giảm thời gian hơn trong việc kê khai nộp thuế XK, thuế NK. Vì vậy, công khai minh bạch trong công tác thu thuế là một trong những nguyên tắc nhằm phát huy được vai trò kiểm tra, kiểm soát của người nộp thuế, hạn chế được tiêu cực phát sinh trong hoàn thiện công tác thu thuế.
- Nguyên tắc tiết kiệm, hiệu quả: Nguyên tắc này đặt ra một yêu cầu quan trọng, đó là việc hoàn thiện công tác thu thuế phải đạt được số thu lớn nhất trong một mức chi phắ thấp nhất có thể. Chi phắ cho việc thực hiện, vận hành hệ thống thuế bao gồm cả chi phắ của bộ máy quản lý thuế và chi phắ tuân thủ của các đối tượng nộp thuế. Khi hệ thống thuế càng phức tạp thì chi phắ vận hành càng lớn và ngược lại, khi hệ thống thuế được thực hiện tốt thì chi phắ quản lý thuế sẽ giảm. Vì vậy, nguyên tắc tiết kiệm, hiệu quả phải được quán triệt ngay từ khi xây dựng chắnh sách thuế sao cho đơn giản, dễ
thực hiện và tiếp tục được duy trì trong quá trình thực hiện chắnh sách đó.
- Nguyên tắc phù hợp, đồng thuận. Trong quá trình hoàn thiện công tác thu thuế đòi hỏi các biện pháp triển khai công tác thu thuế phải: Phù hợp với những quy định trong các văn bản pháp luật về thuế hiện hành; Phù hợp với với điều kiện kinh tế, xã hội của đất nước nói chung và tình hình thực tế sản xuất kinh doanh của các đối tượng nộp thuế nói riêng; Phù hợp với những quy định mang tắnh chất thông lệ quốc tế trong quản lý thuế được áp dụng phổ biến ở các nước. Điều này không chỉ giúp cho chắnh sách thuế có tắnh khả khi mà còn đảm bảo nâng cao hiệu quả quản lý thuế.