Thứ nhất, quản lý đối tượng nộp thuế chưa được thực hiện tốt
Tại Chi cục Hải quan Cốc Nam, số doanh nghiệp nợ thuế quá hạn còn chiếm tỷ lệ cao (khoảng 12,2% trên tổng số doanh nghiệp làm thủ tục hải quan qua địa bàn Chi cục). Như vậy, cùng với số doanh nghiệp làm thủ tục hải quan trong thời gian qua không ngừng tăng nhanh thì số doanh nghiệp nợ thuế không tìm thấy địa chỉ, doanh nghiệp phá sản, ngừng hoạt động, mất tắch cũng tăng lên đáng kể. Việc cập nhật theo dõi thông tin về doanh nghiệp còn nhiều hạn chế nên chưa thể chủ động đưa ra các biện pháp áp dụng phù hợp với từng loại doanh nghiệp.
Các cuộc kiểm tra sau thông quan chủ yếu được thực hiện tại Trụ sở cơ quan hải quan và dựa trên cơ sở phân tắch thông tin còn nghèo nàn tại đơn vị, đặc biệt là hệ thống cơ sở dữ liệu về giá. Cách làm truyền thống này chưa đem lại hiệu quả và chưa thuyết phục được doanh nghiệp.
Hiện tại Hải quan Việt Nam chưa có tình báo Hải quan, nên việc thu thập thông tin về giá người bán (giá FOB) gặp nhiều khó khăn. Hiện tượng thanh toán bằng tiền mặt trong giao dịch hoạt động xuất nhập khẩu còn khá phổ biến; hệ thống quản lý hóa đơn chứng từ bán hàng của các doanh nghiệp và cơ sở sản xuất kinh doanh chưa chặt chẽ; có tình trạng một số doanh nghiệp liên kết ngầm với nhau, thông tin cho nhau để cùng khai giá thấp để trốn thuế... nên việc kiểm soát, quản lý, đấu tranh, cũng như xác minh đối với các lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, gian lận thương mại gặp nhiều trở ngại.
Thứ hai, tổ chức thực hiện xác định thuế XNK, tắnh thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu còn hạn chế
Việc tham vấn và xác định giá tắnh thuế chưa đạt hiệu quả cao. Đa số DN chấp nhận trị giá khai báo sau khi tham vấn. Tổ chức tham vấn chủ yếu dựa trên một khuôn mẫu nhất định nên các biên bản tham vấn hầu như giống nhau, chưa chủ động, sáng tạo trong quá trình tham vấn, chưa làm nổi bật những mâu thuẫn, những nghi ngờ của cơ quan hải quan đối với trị giá khai báo của DN.
Một số công chức thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ ban đầu và cập nhật dữ liệu khai báo còn mang tắnh hình thức, chưa đầy đủ; việc kiểm tra khai báo của doanh nghiệp đôi lúc còn chưa chặt chẽ, còn để xảy ra sai xót, chưa phát hiện kịp thời sự bất hợp lý của mức giá khai báo để tham vấn, bác bỏ.
Việc kiểm tra, phát hiện các chứng từ làm giả như: hoá đơn thương mại, xuất xứ hàng hoá... còn hạn chế.
Thứ ba, công tác thu thuế XK, thuế NK còn để nợ đọng quá hạn dây dưa kéo dài
Qua phần số liệu thực trạng cho ta thấy tình hình nợ đọng tại Chi cục Hải quan Cốc Nam tăng lên hàng năm. Cụ thể tắnh đến ngày 31/12/2018, tổng số nợ thuế quá hạn tại Chi cục Hải quan Cốc Nam là: 4,8 tỷ đồng Điều đó thể hiện việc quản lý đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế tại Chi cục Hải quan Cốc Nam chưa có hiệu quả, tình trạng nợ thuế dây dưa kéo dài.
Có thể nói công tác thu hồi nợ đọng thuế là một nhiệm vụ khó khăn, phức tạp và nhạy cảm của ngành hải quan. Lãnh đạo các đơn vị hải quan đều coi đây là nhiệm vụ trọng tâm, là giải pháp tăng nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Chi cục Hải quan Cốc Nam đã triển khai thực hiện các biện pháp đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế, phối hợp với các cơ quan chức năng đôn đốc thu hồi nợ đọng, bên cạnh kết quả đạt được, công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế vẫn còn nhiều tồn tại:
Một số trường hợp theo dõi nợ thiếu chắnh xác, không thống nhất.
Chưa có lực lượng chuyên trách từ cấp Cục đến Chi cục, hiện nay tại mỗi Chi cục đều có tổ đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế, tuy nhiên cán bộ, công chức thực hiện nhiệm vụ này chủ yếu là kiêm nhiệm, nên hiệu quả hoạt động chưa cao. Trình độ công chức làm công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế còn hạn chế, chưa chuyên sâu, số lượng còn thiếu chưa đáp ứng được công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế hiện nay.
Thứ tư, chưa phát huy được vai trò cần có của kiểm tra sau thông quan và thanh tra thuế
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác kiểm tra sau thông quan Chi cục Hải quan Cốc Nam vẫn còn bộc lộ một số hạn chế sau:
- Số lượng cuộc kiểm tra sau thông quan còn thấp chưa tương xứng với số lượng doanh nghiệp hoạt động XNK trên địa bàn.
Trong giai đoạn 2014-2018, số cuộc kiểm tra do Chi cục Hải quan Cốc Nam thực hiện chỉ chiếm tỉ lệ nhỏ (khoảng 11%) so với số lượng doanh nghiệp có hoạt động XNK trên địa bàn.
- Hoạt động KTSTQ thực hiện trên cơ sở phân tắch thông tin, dữ liệu liên quan đến người nộp thuế, đánh giá việc chấp hành pháp luật của người nộp thuế, xác minh và thu thập chứng cứ để xác định hành vi vi phạm pháp luật về thuế. Nguồn thông tin phục vụ cho hoạt động KTSTQ bao gồm rất nhiều nguồn. Trong đó, thông tin từ khâu thông quan chuyển đến lại rất hạn chế, không đầy đủ, thường xuyên, kịp thời gây khó khăn cho công tác Kiểm tra sau thông quan trong việc thu thập và phân tắch thông tin.
- Công tác phối kết hợp với các cơ quan chức năng có liên quan chưa đạt hiệu quả cao. - Tình hình gian lận, trốn thuế ngày càng gia tăng với các thủ đoạn ngày càng tinh vi, phức tạp hơn.
Thứ năm, Chi cục Hải quan Cốc Nam chưa làm tốt công tác tuyên truyền, hỗ trợ đối tượng nộp thuế
Hiện nay người nộp thuế khi đi nộp thuế coi đó là nghĩa vụ không coi việc nộp thuế là quyền. Do đó khi thực hiện việc nộp thuế, tâm lý đối tượng nộp thuế rất nặng nề. Bên cạnh đó, một bộ phận cán bộ làm công tác quản lý thuế khi thực thu thuế còn gây phiền hà, nhũng nhiễu. Từ các lý do trên mà đối tượng nộp thuế luôn cảm thấy mình bị bắt buộc nộp thuế, do đó phát sinh tâm lý tìm cách dây dưa nộp thuế, trốn thuế.
Việc giải đáp vướng mắc trong lĩnh vực về quản lý thuế của một bộ phận công chức hải quan chưa được niềm nở, nhã nhặn.
Website của Cục mới xây được xây dựng nên thiếu thông tin, chưa xây dựng cơ chế giải đáp vướng mắc qua mạng chi tiết, cụ thể, chưa phân định rõ trách nhiệm, thời gian xử lý các vướng mắc, cơ chế phối hợp giữa các bộ phận liên quan trong việc hướng dẫn doanh nghiệp.
Ngành hải quan chưa có bộ máy độc lập, đủ mạnh; trình độ tổ chức, thực hiện công tác truyên truyền, hỗ trợ của cơ quan hải quan còn hạn chế và chưa được thực hiện theo quy trình, chuẩn mực chung.