- Kiện toàn bộ máy tổ chức hoạt động từ Hội đồng quản lý Quỹ, Ban Kiểm soát đến cơ quan điều hành nghiệp vụ của Quỹ. Hoàn thiện các quy trình của hoạt động nghiệp vụ, các cơ chế chính sách tiền lương, tiêu chuẩn hóa cán bộ.
- Không ngừng tăng cường các nguồn lực dưới nhiều hình thức nhằm đáp ứng kịp thời các yêu cầu bảo vệ môi trường và ứng phó với biến đổi khí hậu.
- Phục vụ các chương trình mục tiêu, trọng điểm của Chính phủ và Bộ Tài nguyên và Môi trường; cải tạo môi trường các lưu vực sông, ô nhiễm làng nghề, ô nhiễm môi trường khu công nghiệp; ô nhiễm chất thải sinh hoạt; ứng dụng và triển khai công nghệ sạch, thân thiện môi trường; các dự án tiết kiệm năng lượng.
- Tăng cường hỗ trợ tài chính cho các dự án bảo vệ môi trường trên toàn quốc dưới các hình thức cho vay với lãi suất ưu đãi, tài trợ và triển khai thực hiện hỗ trợ lãi suất sau đầu tư. Triển khai tốt công tác ký quỹ phục hồi môi trường, thực hiện các chính sách tài chính đối với dự án theo cơ chế phát triển sạch.
- Đa dạng hóa các hoạt động hợp tác quốc tế và hợp tác trong nước, ưu tiên hợp tác triển khai các dự án, hoạt động bảo vệ môi trường thuộc nhóm lĩnh vực ưu tiên.
- Xây dựng các chương trình, dự án bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu có vốn đối ứng của Quỹ, phù hợp với mục tiêu và năng lực của các tổ chức quốc tế để hợp tác.
- Phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao, nâng cao hiệu quả và chất lượng lao động, chủ động áp dụng các mô hình quản lý hiện đại, phù hợp với hoạt động thực tiễn của Quỹ.
- Có trụ sở làm việc ổn định, lâu dài tại thành phố Hà Nội, đồng thời mở rộng phạm vi hoạt động bằng việc mở các văn phòng đại diện tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, hướng tới đặt các văn phòng giao dịch ở nước ngoài.
- Phối hợp với Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước trong việc cấp vốn điều lệ cho hoạt động của Quỹ. Phấn đấu đến năm 2017, ngân sách nhà nước cấp đủ 1.000 tỷ đồng vốn điều lệ cho Quỹ.
- Đảm bảo vốn điều lệ đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của công tác bảo vệ môi trường, dự kiến tăng vốn điều lệ đến 2.000 tỷ đồng vào năm 2020.
- Tăng huy động nguồn vốn bổ sung từ ngân sách, phấn đấu nguồn vốn bổ sung này chiếm 50% tổng nguồn vốn từ ngân sách vào năm 2020;
- Tăng cường huy động vốn từ các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp trong và ngoài nước để tài trợ cho các hoạt động bảo vệ môi trường và biến đổi khí hậu, phấn đầu nguồn vốn này chiếm 10% tổng vốn của Quỹ vào năm 2020.
- Đầu mối tiếp nhận và quản lý các nguồn tài chính quốc tế dành cho bảo vệ tài nguyên môi trường và biến đổi khí hậu. Phấn đấu nguồn vốn này chiếm 50% tổng vốn hoạt động của Quỹ vào năm 2020.
- Tập trung nguồn lực thực hiện hiệu quả các chương trình trọng điểm quốc gia về bảo vệ tài nguyên và môi trường và biến đổi khí hậu.
- Đảm báo cân đối thu - chi, có nguồn vốn khả dụng còn lại cuối kỳ chiếm khoảng 10 - 15% tổng nguồn vốn.
- Phát triển mạng lưới đảm bảo kết nối và phối hợp hoạt động với 100% các quỹ bảo vệ môi trường địa phương, ngành.