Thứ nhất, Vòng quay vốn tín dụng năm 2017 giảm, trong khi tốc độ cải thiện vòng quay vốn tín dụng năm 2016 không đáng kể. Hàng năm, tăng trưởng dư nợ tại các tỉnh trong khu vực đạt thấp. Tốc độ tăng trưởng dư nợ bình quân giai đoạn 2014 - 2017 đạt 11,8%/năm, trong khi tốc độ tăng trưởng dư nợ bình quân của toàn quốc là 33,8%/năm. Trong khi đó, tốc độ tăng trưởng doanh số thu nợ của vùng cũng chưa thực sự bứt phá.
bất thường, có xu hướng tăng trong năm 2016 cho tới nay và cao hơn mức trung bình của toàn quốc. Hầu hết các tỉnh nợ quá hạn đều tăng, trong khi đó nợ quá hạn tăng cao tại một số chi nhánh tập trung và một số chương trình tín dụng có đối tượng vay vốn chủ yếu là hộ dân tộc thiểu số nghèo sinh sống ở vùng sâu, vùng xa không có nghề nghiệp ổn định, không có việc làm, không có đất canh tác... nên công tác thu hồi nợ quá hạn càng khó khăn.
Thứ ba, Tỷ lệ thu lãi của khu vực Tây Nam Bộ được cải thiện đáng kể qua các năm nhưng tỷ lệ thu lãi giữa các địa phương chưa đồng đều. Tính đến hết năm 2017, vẫn còn 4/13 địa phương chưa đạt mức tỷ lệ thu lãi là 100%. Trong đó, ngoài An Giang và Cà Mau có tỷ lệ thu lãi ở mức 99% và 98%, Sóc Trăng đạt tỷ lệ thu lãi 94% thì Bạc Liêu tỷ lệ thu lãi mới chỉ đạt mức 89%.
Thứ tư, Còn nhiều Tổ TK&VV yếu kém và hoạt động không hiệu quả, Ban quản lý Tổ và tổ viên chưa tạo được nề nếp thu lãi hàng tháng. Số Tổ yếu kém của khu vực Tây Nam bộ là 3,4%, cao hơn toàn quốc là 1,5%. Điển hình là Bạc Liêu có tỷ lệ số Tổ TK&VV yếu kém chiếm tỷ trọng cao nhất trong khu vực và cả nước (năm 2014 là 38,52% và năm 2017 là 19,94%). Sóc Trăng có tỷ lệ số Tổ TK&VV yếu kém chiếm tỷ trọng khoảng 7,5%, Kiên Giang là 7,85%.
Thứ năm, Công tác phối hợp giữa NHCSXH với các Tổ chức chính trị xã hội nhận ủy thác trên địa bàn và công tác tham mưu cho cấp ủy, chính quyền địa phương và Ban đại diện Hội đồng quản trị một số nơi còn hạn chế. Lãnh đạo NHCSXH một số địa phương chưa thật sự sâu sát cơ sở, công tác kiểm tra, chỉ đạo triển khai nhiệm vụ tại cơ sở chưa thường xuyên nên hiệu quả đạt được chưa cao.
Thứ sáu, Mức cho vay của NHCSXH khu vực Tây Nam Bộ còn chưa đáp ứng tối đa nhu cầu của người đi vay. Số vốn vay bình quân trên hộ còn tương đối thấp mặc dù đã được cải thiện qua các năm. Mức lãi suất cho vay nhìn chung chậm điều chỉnh và không thấp hơn nhiều so với lãi suất chung của thị trường. Hiệu quả công tác tư vấn, hỗ trợ cũng như giám sát đối tượng vay vốn của NHCSXH còn chưa cao. Tăng trưởng tín dụng của NHCSXH trên địa bàn chưa bền vững, tăng trưởng dư nợ nhưng chưa gắn liền với việc nâng cao hiệu quả tín dụng.