Ngày 01/07/1988, thực hiện nghị định 53 của Hội đồng bộ trưởng (nay là Chính phủ) ngành Ngân hàng chuyển hoạt động từ cơ chế hành chính, kế hoạch hóa sang hạch toán kinh tế kinh doanh theo mô hình quản lý Ngân hàng hai cấp (NHNN và NHTM) lấy lợi nhuận làm mục tiêu trong hoạt động kinh doanh, các NHTM quốc doanh lần lượt ra đời bao gồm: Ngân hàng công thương, Ngân hàng ngoại thương, Ngân hàng đầu tư và phát triển, Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn. Theo đó Ngân hàng thương mại cổ phần công thương Việt Nam được ra đời và đi vào hoạt động trên cơ sở vụ tín dụng công nghiệp và tín dụng thương nghiệp của NHNN cùng với các phòng tín dụng công nghiệp và tín dụng thương nghiệp của 17 chi nhánh NHNN địa phương. Trong bối cảnh chuyển đổi đó, Ngân hàng Ba Đình cũng đã được chuyển đổi thành một chi nhánh NHTM quốc doanh với tên gọi Chi nhánh Ngân hàng công thương quận Ba Đình trực thuộc Ngân hàng công thương thành phố Hà Nội. Hoạt động kinh doanh mang tính kinh doanh thực sự, thông qua việc đổi mới phong cách giao tiếp, phục vụ, lấy lợi nhuận làm mục tiêu kinh doanh, cùng với việc đa dạng hóa các loại hình kinh doanh dịch vụ, khai thác và mở rộng thị trường, đưa thêm các sản phẩm dịch vụ mới vào kinh doanh. Lúc này Ngân hàng công thương Ba Đình hoạt động theo mô hình quản lý NHCT ba cấp (Trung ương - Thành phố - Quận). Với mô hình quản lý này, trong những năm đầu thành lập (7/88-3/93) hoạt động kinh doanh của Ngân hàng công thương Ba Đình kém hiệu quả, không phát huy thế mạnh và ưu thế của một chi nhánh NHTM trên