Tuy nhiờn một hệ thống kiểm soỏt nội bộ dự hoạt động hiệu quả đến đõu cũng khụng thể trỏnh khỏi những hạn chế xuất phỏt từ nguyờn nhõn chủ quan hoặc khỏch quan.
a. về mụi trường kiểm soỏt
Bộ mỏy tổ chức của chi nhỏnh được sắp xếp khỏ hợp lý tuy nhiờn để nõng cao hiệu quả quản lý và mở rộng quy mụ hoạt động, chi nhỏnh cần lập thờm một số phũng ban chuyờn trỏch.
Những quy định về chức năng, nhiệm vụ của cỏc phũng cũn chưa cụ thể, rừ ràng. Do vậy sự phối hợp giữa cỏc phũng vỡ mục tiờu chung của chi nhỏnh cú phần khụng nhịp nhàng nhất là cỏc cụng việc liờn quan đến nhiều phũng ban khỏc nhau.
Phần lớn cỏn bộ tại chi nhỏnh là những cỏn bộ trẻ mới ra trường hoặc điều chuyển từ nơi khỏc về nờn kinh nghiệm xử lý cỏc nghiệp vụ phỏt sinh cũn hạn chế.
Trong cụng tỏc kế hoạch, cỏc phũng, ban tại Chi nhỏnh chỉ chi tiết cỏc chương trỡnh, định hướng cụng tỏc của Agribank Việt Nam và của Ban lónh đạo chi nhỏnh mà chưa chủ động trong việc xõy dựng cỏc kế hoạch tài chớnh và cỏc kế hoạch huy động và sử dụng nguồn.
b. về hệ thống kế toỏn:
Hệ thống thụng tin kế toỏn chưa cung cấp thụng tin đầy đủ, kịp thời cho việc ra quyết định. Hiện nay Chi nhỏnh chưa cú cỏc bỏo cỏo nội bộ hàng thỏng để phục vụ cụng tỏc điều hành của Ban lónh đạo.
c. về thủ tục kiểm soỏt
Cỏc nguyờn tắc cơ bản trong thủ tục kiếm soỏt của Chi nhỏnh mới chỉ chi tiết cho cỏc cấp lónh đạo. Cũn đối với cỏn bộ tại cỏc phũng chức năng chưa được thực hiện triệt để. Vỡ vậy dễ dẫn đến gian lận của cỏc cỏn bộ nghiệp vụ.
d. về kiểm toỏn nội bộ
Bộ phận kiểm toỏn nội bộ của chi nhỏnh gồm 2 thành viờn nờn ảnh hưởng rất nhiều đến chất lượng kiểm toỏn.
chớnh xỏc về số học của cỏc nghiệp vụ phỏt sinh nờn tốn rất nhiều thời gian mà hiệu quả khụng cao.
Đặc biệt, với cỏn bộ kiểm soỏt nội bộ, yờu cầu đặt ra ngoài trỡnh độ chuyờn mụn nghiệp vụ cũn phải nắm chắc cỏc kiến thức về cụng tỏc kiểm tra, kiểm soỏt, phỏp luật, thụng lệ quốc tế. Ngoài ra kiểm soỏt viờn cũn cú khả năng phõn tớch, dự bỏo... Ớ chi nhỏnh, trỡnh độ kiểm soỏt viờn chưa đỏp ứng với yờu cầu thực tế, phần lớn chỉ cú hiểu biết về nghiệp vụ ngõn hàng, phỏp luật..., kỹ năng phõn tớch, dự bỏo cũn hạn chế.
e. về thủ tục kiểm soỏt trờn một số phần
- Kiểm soỏt nghiệp vụ kho quỹ: Hiện tại chi nhỏnh chỉ quan tõm chế độ quản lý kho quỹ như kiểm kờ kho quỹ, kiểm tra chế độ sử dụng và bảo quản chỡa khoỏ gian kho, kiểm kờ uỷ quyền trong cụng tỏc kho quỹ mà chưa quan tõm đến hạn mức tồn quỹ tiền mặt tại chi nhỏnh. Điều này sẽ làm giảm nguồn thu của Chi nhỏnh do giảm thu lói từ tài khoản điều chuyển vốn giữa chi nhỏnh và Trụ sở chớnh.
Trong kiểm soỏt nghiệp vụ kho quỹ, chi nhỏnh chưa quan tõm đến kiểm tra tiền giả, tiền khụng đủ tiờu chuẩn lưu thụng, ấn chỉ quan trọng hỏng trong kỳ. Điều này dẫn đến cỏc khoản tiền và ấn chỉ trờn cú thể bị lợi dụng sử dụng vào mục đớch riờng.
- Kiểm soỏt thu nhập và chi phớ: Hầu hết cỏc thủ tục kiểm soỏt Chi nhỏnh mới chỉ chỳ trọng tới kiểm soỏt xử lý và kiểm soỏt bảo vệ tài sản mà chưa chỳ ý đến cụng tỏc kiểm soỏt quản lý cũng như kiểm soỏt tổng quỏt. Núi cỏch khỏc, kiểm soỏt thu nhập và chi phớ chưa làm tốt chức năng ngăn chặn và giỏm sỏt mà mới chỉ thực hiện chức năng kiểm tra, phỏt hiện và xử lý cỏc vấn đề đó phỏt sinh.