Năm 1880, Louis Pasteur và cộng sự, ở Pháp, đã phân lập, nuôi cấy và mô tả một loại vi khuẩn trong máu của những con thỏ trước đó được tiêm nước bọt của trẻ bị tử vong do bệnh dại, cũng trong năm này, ở Mỹ, Gorge Miller Sternberg nghiên cứu về vi khuẩn này nhưng ông tiêm chính nước bọt của mình vào tổ chức dưới da của thỏ. Năm 1881, Sternberg đã công bố kết quả nghiên cứu của mình trước công bố của Pasteur 2 tháng [91]. Pasteur gọi vi khuẩn này là “vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết từ nước bọt”, năm 1883 Sterberg đặt tên là Micrococcus pasteuri, năm 1884 Klein đặt tên là
Micrococcus pneumoniae, năm 1886 sinh vật này được Fraenkel gọi là phế cầu (pneumococcus) vì xu hướng gây bệnh phổi. Nó được đổi tên thành Diplococcus pneumoniae vào năm 1920. Đến năm 1974 phế cầu được đổi tên thành Streptococcus pneumoniae [160].
Năm 1937, Sherman là người đầu tiên đưa ra cách phân loại đầy đủ về phế cầu khuẩn.
Năm 1819, Laennec đã đưa ra khái niệm viêm phổi về mặt giải phẫu và năm 1841 Grisolle đã nghiên cứu viêm phổi về mặt lâm sàng.
Năm 1883, Talamon là người đầu tiên thiết lập được mối liên hệ giữa viêm phổi và vi trùng gây bệnh qua việc xét nghiệm các mẫu đờm, máu và khối phổi viêm gan hóa của bệnh nhân và mô tả nó.
Năm 1935 Lemierre rồi Bariety chỉ rõ cách tiến triển của bệnh cũng như các dạng nhiễm trùng khác do phế cầu khuẩn.
Năm 1928, Alexander Fleming đã phát hiện ra penicillin, năm 1941 penicillin được sử dụng trong lâm sàng để điều trị bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn gây ra [110]. Việc sử dụng penicillin đã làm đão lộn tiên lượng của nhiễm trùng do phế cầu nhưng ngay sau đó, vào năm 1943 đã phát hiện phế cầu pháng thuốc ở phòng thí nghiệm.
Năm 1967, lần đầu tiên thấy phế cầu kháng thuốc trên bệnh nhân ở Úc, năm 1977 lần đầu tiên chủng phế cầu đa kháng kháng sinh ở Nam Phi [200].
Lịch sử các đợt bùng phát viêm phổi do phế cầu xảy ra trên thế giới từ năm 1916 đến năm 2017, có 81 đợt bùng phát trong đó 9 đợt bùng phát xảy ra từ năm 1946 trở về trước, là thời kỳ chưa có vắc xin. Từ năm 1947 đến năm 1977 là thời kỳ kháng sinh đã được đưa vào sử dụng để điều trị phế cầu, vẫn chưa có vắc xin, thời kỳ này không thấy đợt bùng phát nào được mô tả. Thời kỳ vắc xin polysaccarid của phế cầu ra đời, từ năm 1977 đến 1999, có 41 đợt bùng phát xảy ra, đây là thời kỳ phế cầu giảm nhạy cảm với penicillin và kháng với nhiều loại kháng sinh khác đã lan rộng ra nhiều nước trên thế giới.
Thời kỳ từ năm 2000 đến nay, mặc dù đã có vắc xin polysaccarid của phế cầu và vắc xin liên hợp phế cầu nhưng vẫn có 31 đợt bùng phát xảy ra [171].