Bên cạnh những thành cơng, dưới góc nhìn của KTNN, hoạt động thu hút FDI của các địa phương nói chung vẫn cịn những hạn chế, chưa theo kịp yêu cầu phát triển.
Cụ thể, hiện nay, Việt Nam đã ký kết Hiệp định tránh đánh thuế hai lần với hơn 70 nước trên thế giới, trong đó, rất nhiều nước áp dụng biện pháp khấu trừ thuế để xử lý vấn đề tránh đánh thuế hai lần. Theo đó, các nhà đầu tư cư trú tại nước ngoài khi đầu tư vào Việt Nam và đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tại Việt Nam thì khơng được miễn thuế TNDN tại nước cư trú, chỉ được khấu trừ số thuế TNDN đã nộp tại Việt Nam vào số thuế TNDN mà nhà đầu tư phải nộp tại nước cư trú. Do đó, nếu Việt Nam ưu đãi thuế TNDN cho nhà đầu tư thì họ cũng sẽ khơng được hưởng lợi do thuế TNDN phải nộp cho nước cư trú sẽ tăng lên tương ứng.
Mặt khác, phần lớn các dự án FDI chỉ sử dụng cơng nghệ trung bình hoặc trung bình tiên tiến so với khu vực. Một số dự án còn tiêu tốn năng lượng, sử dụng
nhiều tài nguyên, gây ô nhiễm môi trường… Nhiều dự án chuẩn bị đầu tư không tốt; nhà đầu tư khơng đủ năng lực, kinh nghiệm và nguồn tài chính, dẫn đến các dự án đã đăng ký bị bỏ dở hoặc chậm trễ triển khai. Hoạt động thu hồi đất còn nhiều bất cập, chậm tiến độ khiến nhiều dự án FDI có vốn đầu tư đăng ký lớn nhưng khơng thể triển khai, làm cho tỷ lệ giải ngân vốn FDI đạt thấp.
Hiện nay, gần như chính quyền các tỉnh đều chưa có một quy trình giám sát q trình đầu tư FDI hiệu quả, phân cấp trách nhiệm rõ ràng giữa các sở, các ngành, các huyện thị, xã, phường trong giám sát đầu tư để đảm bảo quá trình đầu tư tuân thủ theo đúng tiến độ và các cam kết của nhà đầu tư. Việc ký quỹ đầu tư đối với các doanh nghiệp FDI chưa được một số tỉnh thực hiện nghiêm túc, dẫn đến các dự án FDI chây ỳ, không đúng tiến độ. Hoạt động chuyển giá của các doanh nghiệp FDI chưa có dấu hiệu giảm sút và ngày càng tinh vi.
Trong thời gian gần đây, ngoài nhiệm vụ tăng cường thu hút nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngồi thì nhiệm vụ kiểm tra, giám sát các dự án FDI sau cấp phép cũng được các cơ quan quản lý nhà nước về đầu tư quan tâm.
Bên cạnh công tác thu hút nguồn vốn FDI vào trong nước thì hiệu quả của nguồn vốn này với sự phát triển của nền kinh tế mới thực sự quan trọng. Việc tăng cường kiểm tra, giám sát các dự án FDI nhằm kịp thời phát hiện khó khăn, vướng mắc của doanh nghiệp để tìm giải pháp hỗ trợ và tháo gỡ khó khăn; đơn đốc các dự án chậm tiến độ, chậm triển khai hoặc chưa tuân thủ các cam kết; đồng thời, xử lý các trường hợp vi phạm pháp luật. Nói cách khác, cơng tác hậu kiểm luôn phải đi đôi, song hành cũng cơng tác thu hút, xúc tiến đầu tư thì hiệu quả của nguồn vốn FDI mới thực sự phát huy.
Hiện nay, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đang xây dựng Nghị định thay thế Nghị định 113/2009/NĐ-CP về giám sát và đánh giá đầu tư. Trước đây Nghị định 113/2009/NĐ-CP quy định đối tượng giám sát và đánh giá đầu tư gồm 2 loại là dự án đầu tư sử dụng 30% vốn nhà nước trở lên và các dự án khác, tuy nhiên trên thực tế còn rất nhiều dự án đầu tư từ các nguồn vốn khác cũng cần được giám sát và đánh giá đầy đủ.
Một trong những điểm mới quan trọng của Dự thảo Nghị định thay thế Nghị định 113 lần này là đối tượng điều chỉnh sẽ không chỉ là các dự án sử dụng vốn nhà nước, mà còn là các dự án FDI, dự án đầu tư ra nước ngoài, cả các dự án PPP, cũng
như các dự án đầu tư sử dụng vốn nhà nước ngồi vốn đầu tư cơng… Đối với các dự án FDI, việc giám sát sẽ được thực hiện không chỉ trong thủ tục cấp giấy chứng nhận đầu tư, mà cịn là tiến độ góp vốn, tình hình triển khai, việc thực hiện các yêu cầu về bảo vệ môi trường, sử dụng đất đai, sử dụng tài nguyên khoáng sản theo quy định; tình hình thực hiện các ưu đãi đầu tư, các điều kiện kinh doanh...
Sự thay đổi này được đánh giá là thống nhất trong quản lý nhà nước về các hoạt động đầu tư của toàn xã hội. Việc đưa các chế tài để đảm bảo các quy định được thực hiện sẽ giúp cho công tác quản lý nhà nước về đầu tư hiệu quả và có tính thực thi hơn.
Ngồi ra, hệ thống thơng tin quốc gia về đầu tư nước ngồi hiện nay cũng là một cơng cụ giúp cho công tác giám sát được liên tục, chặt chẽ.
Hệ thống này thường xuyên cập nhật và phân loại tình hình thu hút, hoạt động đầu tư nước ngồi để phục vụ cho công tác quản lý, điều hành và hoạch định chính sách của các cơ quan nhà nước các cấp.
Một trong những nguyên nhân của tình trang tùy tiện, dễ dãi trong việc chấp nhận khá nhiều dự án FDI quy mô nhỏ, không đưa lại hiệu quả cho địa phương về tăng trưởng kinh tế, thu ngân sách, việc làm và thu nhập của người lao động là thiếu các định mức, tiêu chuẩn quốc gia để chỉ đạo các địa phương thực hiện, nhất là từ khi phân cấp quản lý FDI cho các UBND tỉnh, thành phố năm 2006.
Tình trạng khá nhiều khu cơng nghiệp, khu kinh tế sử dụng đất khá lãng phí, một số địa phương cấp đất quá lớn cho dự án FDI mà khơng tính đến thực trạng nước ta “đất hẹp, người đông”, cần phải quan tâm đên lợi ích của các thế hệ sau; tiêu chuẩn khi thải, chất thải rắn, môi trường, cháy nổ cần được bổ sung, hồn chính và cơng khai minh bạch với doanh nghiệp, chủ đầu tư và người dân.
Xây dựng định mức, tiêu chuẩn quốc gia cho từng loại dự án FDI cần được coi là nhiệm vụ trọng tâm của các bộ, ngành trong năm 2020 và nửa đầu năm 2021 để làm căn cứ thẩm định và cấp Giấy đăng ký đầu tư, cũng như kiểm tra, thanh tra của các bộ, ngành đối với địa phương, khu công nghiệp, khu kinh tế; xử lý nhanh và có kết quả mọi vi phạm.