- Cuống nang và nang bào tử của Mucor sp.
3.XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ TOÀN MẠCH Ở DÃY 16SrDNA LẦ N
Do đĩ chúng tơi tiến hành phân tích lại toàn bộ chiều dài của dãy trình tự của mẫu
bằng phương pháp 16S rDNA cho m ẫu đã ly trích
a. Phương pháp phân tích
Ly trích mẫu bùn trong hệ thống xử lý nước thải nuơi heo ở Việt Nam đã làm giàu bằng DNA
Nhân bản sao bằng PCR với các cặp mồi (Ana-5' và Ana-3') chuyên biệt cho
Anammox
Dãy trình tự sản phẩm PCR và kiểm chứng độ tương đồng
b. Vật liệu:
Hố chất và mơi trường (như phần phân tích trên)
Phương pháp tiến hành PCR với các cặp mồi Ana-5' và Ana-3'chuyên biệt cho
anammox. tạo dịng sản phẩm PCR thu được dãy trình tự và kiểm chứng độ tương đồng
c. Kết quả
Xác nhận DNA bộ gien
Hình 4 trên cho th ấy rõ vạch DNA bộ gien
Xác nhận sản phẩm PCR
Hình 5
Hình 5 trên cho thấy cĩ sự xuất hiện của vạch chuyên biệt anammox khoảng 200bp. Mặc
dầu cĩ sự hiện diện của các vạch chủng chuyên biệt khác. Nhưng kết quả cho thấy cĩ sự hiện
diện chủng anammox của mẫu bùn trong hệ thống xử lý nước thải nuơi heo ở Việt Nam
Dãy trình tự các dịng
Từ 6 dịng thu được (số 3; 5; 6; 8; 9; 10) đã tiến hành dãy trình tự. Sự khác biệt
trình tự các dịngđược ký hiệu bằng cách gạch d ưới (xem hình dưới)
TTCTCTGCCGGAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA GGCTAAA
Số 6
TTCTCTGCCGGAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGTCCGCA AGGCTAAA
Trình tự 175bp cho thấy các dịng 3; 5; 8; 9; 10 cĩ trình tự giống nhau, trong khi đĩ
dịng số 6 khác với các dịng trênở 1 bazơ, Do vậy cĩ sự hiện diện của 2 loài anammox
Kết quả kiểm chứng độ t ương đồng
Tiến hành kiểm chứng độ tương đồng của 6 dịng thu được với các đoạn trong cơ sở
dữ liệu NCBI bằng BLAST cho kết quả nh ư sau: Kết quả số 3; 5; 8; 9; 10 so sách trình tự thu được cĩ độ tương đồng.
TT Chủng vi khuẩn cĩ độ tương đồng nhất (Số trong ngoặc là accession number trên GenBank) (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
Độ tương đồng (%)