Thứ nhất, Cơ cấu tổ chức bộ máy Chi cục thuế
Chi cục thuế có bộ máy quản lý theo mô hình tổ chức theo chức năng. Theo mô hình này, Chi cục thuế tổ chức ra các Đội thuế chức năng riêng rẽ, mỗi Đội thực hiện một công việc nghiệp vụ cụ thể có liên quan đến tất cả các sắc thuế.
Do mỗi Đội thuế được chuyên môn hóa thực hiện một công việc nghiệp vụ cụ thể trong quy trình quản lý thuế nên buộc các Đội thuế phải có những mối quan hệ theo dây chuyền với nhau.
Bên cạnh ưu điểm kể trên, mô hình tổ chức theo chức năng cũng có một số mặt hạn chế. Do mỗi Đội chức năng chỉ tập trung vào một khía cạnh hẹp của đối tượng nộp thuế, nên khi muốn có thông tin đầy đủ về một đối tượng nộp thuế thì phải tập hợp thông tin từ rất nhiều Đội chức năng khác nhau. Điều đó sẽ làm giảm tính thời sự của những thông tin về một đối tượng nộp thuế và làm giảm hiệu lực của việc cung cấp các dịch vụ cho đối tượng nộp thuế.
Thứ hai, quản lý nguồn nhân lực tại Chi cục thuế
Xây dựng đội ngũ cán bộ quản lý thuế tinh giản, có trình độ, có đạo đức là mục tiêu và cơ sở nền tảng để Chi cục Thuế quản lý thuế tốt hơn. Để hoàn thành nhiệm vụ nhà nước giao, Chi cục Thuế rất chú trọng vào việc xây dựng nguồn nhân lực cho tổ chức bộ máy quản lý thuế.
Mặc dù vậy, nhiều Chi cục Thuế với cơ sở vật chất kỹ thuật lạc hậu, thiếu thốn các nguồn lực nên đội ngũ CBCC tại cục thuế các tỉnh chưa thực sự hoàn thiện cả về số lượng và chất lượng. Điều này ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả của công tác quản lý thuế nói chung, công tác quản lý thuế TNCN nói riêng.
Thứ ba, quản lý thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên
Quản lý thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên nếu nhận được sự quan tâm của Ban lãnh đạo chi cục thuế, cũng như sự sát sao trong quá trình triển khai quản lý thuế TNCN sẽ góp phần kiểm soát các khoản thu nhập của NNT, hạn chế những trường hợp cá nhân có 2 nguồn thu nhập và nằm trong diện nộp thuế TNCN nhưng chưa xử lý được.
Thứ tư, cơ sở vật chất phục vụ kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân
có hai nguồn thu nhập trở lên
Sự đầu tư về cơ sở vật chất và phương tiện làm việc có tác động không nhỏ đến hiệu quả và chất lượng kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên. Cơ sở vật chất và phương tiện làm việc hiện đại giúp nâng
cao hiệu suất làm việc của cán bộ kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên.
Thứ năm, hệ thống thông tin phục vụ kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với
cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên
Hệ thống thông tin được đầy đủ dữ liệu sẽ là cơ sở để lựa chọn đúng đối tượng thanh tra; là cơ sở để lựa chọn phương pháp và phạm vi, trọng tâm tiến hành thanh tra; là cơ sở để xác định có hay không hành vi vi phạm pháp luật thuế của đối tượng thanh tra. Cơ sở dữ liệu thông tin càng đầy đủ, chính xác và kịp thời thì hiệu quả kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên càng cao. Thông tin được tổng hợp xử lý tốt hay không phụ thuộc vào việc ứng dụng công nghệ thông tin vào kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên. Do đó, cơ sở dữ liệu thông tin về NNT và trình độ ứng dụng công nghệ thông tin có ý nghĩa rất quan trọng trong kiểm tra quyết toán thuế TNCN đối với cá nhân có hai nguồn thu nhập trở lên.