- Đối với cơ quan Công an: Hiện nay theo Qui chế phối hợp giữa Cục Thuế thành phố Hà Nội và Công an thành phố Hà Nội còn qui định quá chung (mục tiêu là để phòng ngừa là chính), khi thực hiện lực lượng trực tiếp phối hợp giữa hai ngành còn lúng túng. Do vậy, trong thời gian tới trước hết phải sửa đổi Qui chế này một cách rõ hơn, và theo hướng đấu tranh, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật. Ngoài ra, hàng năm hoặc 06 tháng, bộ phận thường trực thực hiện Qui chế phối hợp giữa hai Ngành phải xây dựng kế hoạch cụ thể, theo các chuyên đề phối hợp đấu tranh nhằm ngăn chặn các hành vi vi phạm mới xuất hiện, nhất là trong lĩnh vực đấu tranh “chống chuyển giá” .Đối với các vụ việc do CQT chuyển sang Cơ quan công
an đê tiếp tục điêu tra truy cứu trách nhiệm hình sự thì Cơ quan Công an thực hiện kịp thời theo qui định của pháp luật, tránh tình trạng kéo dài khi chuyển lại CQT xử lý hành hình thì đã hết thời hiệu xử phạt, muốn khắc phục được tình trạng này, CQTcần chủ động trong giai đoạn đang tiến hành kiểm tra thuế, nếu xét thấy có dấu hiệu tội phạm, cần có sự phối hợp ngay của Cơ quan công an thì yêu cầu phối hợp kịp thời. Ngoài ra, cần kiến nghị sửa đổi Thông tư liên tịch số 10/2013/TTLT giữa Bộ Tài chính, Bộ Công an, Tòa án Nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao về số tiền trốn thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự từ 200 triệu đồng trở lên (hiện nay là từ 100 triệu đồng trở lên, dẫn tới rất nhiều trường hợp vi phạm phải chuyển sang cơ quan Công an để truy cứu trách nhiệm hình sự) là phù hợp với điều kiện hiện nay.
- Đối với các Ngân hàng: cần xây dựng Qui chế phối hợp về cung cấp thông tin về tài khoản, các thông tin về giao dịch đáng ngờ (thanh toán lòng vòng) nhằm hợp thức hóa hành vi mua bán hóa đơn bất hợp pháp, các thông tin về hoạt động KD mà DN cung cấp cho các Ngân hàng để vay vốn thường sai lệch so với hồ sơ khai thuế tại CQT (chẳng hạn, về vấn đề lợi nhuận theo báo cáo tài chính thì DN cung cấp cho Ngân hàng là lãi lớn, ngược lại khai thuế tại CQT lãi thấp thậm chí lỗ), do vậy giữa CQT và Ngân hàng cần đặt ra nội dung phối hợp về vấn đề này vừa phục vụ công tác QLT vừa phục vụ công tác giám sát của Ngân hàng.
- Đối với Cơ quan Hải quan, Kho bạc Nhà nước và CQT: cần có những phần mềm ứng dụng liên thông số liệu, nhằm đáp ứng thực hiện khai thác thông tin phục vụ công tác kiểm tra thuế.