Tại mỗi cửa khẩu quốc tế hoặc quốc gia, thông thường có 5 cơ quan quản lý nhà nước cử cán bộ làm việc tại đây, đó là: Bộ đội biên phòng (hoặc công an cửa khẩu đối với cửa khẩu hàng không), hải quan, kiểm dịch y tế, kiểm dịch động vật và kiểm dịch thực vật. Quản lý chung về cơ sở hạ tầng của cửa khẩu sẽ do Ban quản lý cửa khẩu hoặc Cảng vụ đảm nhiệm. Theo kết quả khảo sát, tất cả 13 Trung tâm KDYT quốc tế đều có văn bản thoả thuận phối hợp liên ngành giữa cơ quan kiểm dịch y tế và các cơ quan, đơn vị khác. Đặc biệt, tại các cửa khẩu lớn như Cảng hàng không quốc tế Nội Bài, Tân Sơn Nhất có tới trên 15 đơn vị cùng ký kết tham gia phối hợp với cơ quan KDYT khi cần thiết, nhất là trong thời gian dịch bệnh Ebola, MERS-CoV… diễn biến phức tạp trên thế giới.
Mô hình kiểm tra “một cửa, một lần dừng” trong lĩnh vực kiểm dịch y tế tại cửa khẩu quốc tế Lao Bảo (Việt Nam) và Đen-xa-vẳn (Lào) đã được triển khai từ năm 2015 tới nay. Qua mô hình này, các cơ quan quản lý Nhà nước phối hợp chặt chẽ và cùng tập trung tại một địa điểm để làm thủ tục xuất nhập cảnh, xuất nhập khẩu tạo thuận lợi cho hành khách cũng như doanh nghiệp vận tải.
Về phối hợp với các cơ quan quản lý tại sân bay Nội Bài, chúng tôi có biên bản thoả thuận phối hợp và lãnh đạo của tất cả các đơn vị đều ký và đóng dấu vào biên bản này. Điều đó có thuận lợi cho chúng tôi khi triển khai nhiệm vụ, khi cần chúng tôi chỉ cần gọi điện thoại là có được hỗ trợ. Nhất là khi có dịch nguy hiểm như Ebola, MES-CoV thì họ hay hỏi ý kiến của kiểm dịch y tế cần làm gì và chúng tôi đều tham gia (Phó Giám đốc Trung tâm KDYT quốc tế Hà Nội).