Hệ thống tổ chức KDYT biên giới tại Việt Nam được thành lập và tổ chức từ tuyến Trung ương, khu vực tới tuyến tỉnh và là một phần trong hệ thống giám sát bệnh truyền nhiễm của Việt Nam.
Tuyến Trung ương và khu vực: Cục Y tế dự phòng là đơn vị quản lý
nhà nước có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng Bộ Y tế về công tác quản lý và chỉ đạo các hoạt động về kiểm dịch y tế biên giới. Tại Cục Y tế dự phòng có Phòng Kiểm dịch y tế biên giới là bộ phận trực tiếp tham mưu và giúp việc chỉ đạo hoạt động kiểm dịch y tế trên phạm vi toàn quốc. Ngoài ra, các khu vực còn có các Viện VSDT/Pasteur gồm: Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, Viện Pasteur Nha Trang, Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên và Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh thuộc Bộ Y tế, đây là các đơn vị tham mưu giúp Lãnh đạo Bộ Y tế chỉ đạo các đơn vị kiểm dịch y tế tuyến tỉnh về các biện pháp chuyên môn kỹ thuật kiểm dịch y tế biên giới [20].
Hiện tại, bộ phận chuyên môn về kiểm dịch y tế của các Viện VSDT/Pasteur còn chưa thống nhất và đồng đều về tổ chức, tên gọi và nhân sự: có Viện tổ chức đơn vị KDYT thành Phòng Kiểm dịch y tế quốc tế thuộc Khoa Dịch tễ (Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương), Khoa Côn trùng và Kiểm dịch (Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên), Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh có Tổ KDYT nằm trong Khoa Kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh, Viện Pasteur Nha Trang có Khoa Kiểm soát Véc-tơ truyền bệnh và Kiểm dịch. Các Phòng, Tổ KDYT nói trên đều chịu trách nhiệm theo dõi và tham mưu cho Lãnh đạo
Viện để chỉ đạo các biện pháp chuyên môn kiểm dịch y tế cho các đơn vị địa phương trên địa bàn phụ trách.
Tuyến tỉnh, thành phố: Tính đến 2016, cả nước có 13 tỉnh đã thành lập
Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế với chức năng, nhiệm vụ, tổ chức được Bộ trưởng Bộ Y tế quy định cụ thể và trực thuộc quản lý của Sở Y tế (Phụ lục 3). Các Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế này là đơn vị độc lập đã được thành lập tại các tỉnh nơi có các cửa khẩu quốc tế lớn, có lưu lượng giao lưu về người, phương tiện và hàng hóa lớn với các nước chung đường biên và các quốc gia khác trên thế giới [8]. Tại các cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu quốc gia, Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế đều bố trí cán bộ kiểm dịch y tế cùng các lực lượng chuyên ngành khác làm việc tại đây.
Ngoài ra, tính đến thời điểm năm 2016 còn có 29 tỉnh khác có Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh, thành phố có hoạt động kiểm dịch y tế, trong các Trung tâm đó có Khoa Kiểm dịch y tế hoặc Tổ Kiểm dịch y tế thuộc Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm của Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh, thành phố
(Phụ lục 3). Thời điểm năm 2016 chưa có tỉnh/thành phố nào thành lập Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh (CDC). Tại các Khoa hay Tổ kiểm dịch y tế này, cán bộ ngoài làm nhiệm vụ chuyên môn về kiểm dịch y tế có thể vẫn tham gia các nhiệm vụ khác của Trung tâm hoặc của Khoa khác khi được điều động hoặc khi có dịch bệnh xảy ra [19].
Chức năng nhiệm vụ của Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế đã được Bộ trưởng Bộ Y tế quy định trong Quyết định 14/2007/QĐ-BYT ngày 30/01/2007 về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương [8]. Trong khi đó nhiệm vụ của Khoa/Tổ kiểm dịch y tế thuộc Trung tâm YTDP tỉnh/thành phố lại được quy định trong Thông tư 51/2014/TT-BYT ngày 29/12/2014 quy định
chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm YTDP tỉnh/thành phố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương [22].
Như vậy, về tổ chức và tên gọi của các đơn vị KDYT hay bộ phận KDYT có khác nhau và chưa thống nhất giữa các tuyến Trung ương (Cục YTDP) [20], tuyến khu vực (các Viện VSDT/Pasteur) và tuyến tỉnh (Trung tâm KDYT quốc tế, Trung tâm YTDP).
Do chưa có sự thống nhất về tên gọi của đơn vị KDYT, chưa thống nhất về tổ chức của đơn vị KDYT ở các tuyến khác nhau cũng như trong cùng tuyến, điều đó dẫn đến việc quản lý khó khăn, thiếu đồng bộ, hoạt động chưa đồng nhất. Các Trung tâm KDYT quốc tế trực thuộc Sở Y tế và do Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố ra quyết định thành lập, như vậy về nhân lực, cơ sở vật chất, trang thiết bị hoạt động sẽ do Uỷ ban nhân dân tỉnh/thành phố, Sở Y tế đầu tư và quản lý. Song về chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm KDYT quốc tế cũng như các nội dung hoạt động về chuyên môn đều do Bộ Y tế quy định [8]. Chính điều này dẫn đến khó khăn trong khâu chỉ đạo, điều hành, chậm trễ trong huy động các nguồn lực để đáp ứng với các tình huống dịch bệnh có nguy cơ lây lan qua biên giới. Những vấn đề đó đòi hỏi các hoạt động KDYT cần được thực hiện trong một mô hình tổ chức mới để phù hợp hơn, hiệu quả hơn [22].