Một số khu vực hoặc thiết bị dùng chế biến thủy sản cần được chú trọng đặc biệt bởi
đó là những điểm tới hạn về mặt an toàn vệ sinh hoặc chất lượng của thực phẩm được chế biến.
Bề mặt dùng để phi lê hoặc cắt thủy sản phải được cọ rửa và khử trùng thường xuyên. Nếu có thể chúng cần được xối rửa bằng dòng nước sạch liên tục suốt thời gian thao tác. Nước rửa phải có dư lượng clorine tối thiểu 4ppm.
Cần làm vệ sinh bề mặt dùng để phi lê hoặc cắt thủy sản trong giờ giải lao hoặc trước ca sản xuất. Nếu không cọ rửa và khử trùng triệt để các bề mặt này (ít nhất sau mỗi lần làm việc) khả năng lây nhiễm vi sinh nghiêm trọng sẽ xảy ra từ ngày này qua ngày khác. Sự lây nhiễm vi sinh ở thực phẩm lẫn mặt bàn chế biến có thể giảm đáng kể nhờ
dội rửa liên tục bằng nước máy lạnh và sạch. Cần tránh lạm dụng việc sử dụng chất khử trùng bởi dễ làm hỏng thành phẩm.
Mọi máy móc trong chế biến thủy sản phải được làm sạch, khử trùng và rửa cẩn thận sau những khoảng thời gian thích hợp, cuối ca sản xuất, trước khi bắt đầu sản xuất lại hay bất kỳ lúc nào thấy cần.
Việc sử dụng máy móc sẽ làm giảm nguy cơ lây nhiễm từ con người. Tuy nhiên nếu không được bảo dưỡng và làm sạch cẩn thận, máy móc có thể trở thành nguồn gây nhiễm nghiêm trọng. Cần định kỳ loại bỏ thức ăn bị kẹt hay tích tụ trong máy móc thiết bị suốt thời gian làm việc. Mội máy móc thiết bị cần được kiểm tra kỹ trước khi bắt đầu sản xuất để đảm bảo chúng được làm sạch, khử trùng, dội rửa kỹ lưỡng và lắp ráp lại
đúng cách.