BĐKH làmthay đổi các hệ sinh thái, bao gồm thay đổi vềđất đai, nguồn nước, thức ăn, đồng cỏ, hệ động thực vật, vi sinh vật. Chăn nuôi bị ảnh hưởng bởiBĐKH ở nhiều khía cạnh khác nhau như: tăng tỷ lệ bệnh tật ở gia súc (Watson, 2008; Seguin, 2008), tăng giá các loại thức ăn chăn nuôi (Orskov, 2008) do hạn hán, lũ lụt ảnh hưởng đến việc trồng, thu hoạch, vận chuyển, bảo quản các loại cây thức ăn và sản phẩm làm nguyên liệu cho sản xuất thức ăn do đó ảnh hưởng đến cung cấp và giá thành của thức ăn chăn nuôi (Watson, 2008).
Ở nhiều vùng, nước sạch dùng cho chănnuôi ngày càng trở nên khan hiếm, có nơi hạn hán kéo dài; có nơi ngậplụt, ngập mặn đã gây ô nhiễm nguồn nước dùng cho con người cũng như vật nuôi (ĐBSCL và các tỉnh miền trung của Việt nam trongđợt hạn hánnăm 2016).
Bão, lốc, lũ quét đã phá hủy, hư hại các chuồng trại, trang thiết bị chăn nuôi và ảnh hưởng đến các đàn vật nuôi.
Điều kiện thời tiết khắc nghiệt như nắng, nóng kéo dài hoặc rét đậm rét hại đều ảnh hưởng, nhiều vật nuôi gây chết do cảm nắng, cảm nóng,rét, hoặc gây giảm sức đề kháng và phát sinh các dịchbệnh khác.
Trong những năm gần đây, dịch bệnh nguy hiểm liên tiếp xảy ra trên các đàn vật nuôi như dịch cúm gia cầm, tai xanh, lở mồm long móng v.v. bên cạnh đó các bệnh bị ảnh hưởng nhiều bởi môi trường như bệnh đường tiêu hóa, đường hô hấp cũng xảy ra trên các đàn vật nuôi nhiều hơn, đã ảnh hưởng đến năng suất và sản lượng, chất lượng sản phẩm chăn nuôi. Đồng thời khi vật nuôi có bệnh hoặc sức khỏe không tốt thì quá trình tiêu hóa thức ăn bị ảnh hưởng, việc tiêu hóa, hấp thu dinh dưỡng khôngtriệt để do đó chất thải của vật nuôi còn nhiều thức ăn chưa tiêu hóa, làm môi trường thuận lợi cho vi sinh vật phát triển và vật nuôi mắc bệnh cũng thải nhiều mầm bệnh làm tăng mức độ ô nhiễm môi trường, tăng phát thải KNK.
BĐKH ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật trong môi trường, làm tác nhân gây bệnh có nhiều thay đổi, tạo ra các biến chủng hoặc khả năng kháng thuốc cao hơn v.v.,xuất hiện nhiều dịch bệnh mới và nguy hiểm trên các đàn vật nuôi, đồng thời việc phòng trị bệnh cũng khó khăn hơn và tăngáp lực cho chăn nuôi.