Tổ chức bộ máy quản lý thực hiện chức năng QLNN về kinh tế đối ngoại phải được thiết kế và tổ chức phù hợp, đơn giản, có sự phân rõ ràng chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức, cơ chế quản lý, phối hợp trong bộ máy một cách chặt chẽ, thống nhất, không bị trùng lắp chức năng, nhiệm vụ và phạm vi quản lý của nhau. Có như vậy các cơ quan trong hệ thống, bộ máy mới phân định rõ trách nhiệm, quyền hạn về việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mình trong QLNN về kinh tế đối ngoại. Khi đó các cơ quan trong hệ thống QLNN về kinh tế đối ngoại mới không bị chồng chéo lẫn nhau, cũng như đùn đẩy trách nhiệm cho nhau. Từ đó thuận lợi trong công tác quản lý, điều hành, kiểm tra, giám sát và quy trách nhiệm quản lý của các cấp, các đơn vị. Như vậy, bộ máy hoạt động mới trơn chu, hiệu lực và hiệu quả, dễ dàng đánh giá và kiểm tra phát hiện và xử lý vi phạm.
Trình độ năng lực và đạo đức của cán bộ, công chức thực hiện chức năng QLNN về kinh tế đối ngoại là nhân tố quan trọng và ảnh hưởng rất lớn tới hoạt động QLNN về kinh tế đối ngoại. Chính đội ngũ cán bộ, công chức là người xây dựng lên hệ thống pháp luật, đồng thời là chủ thể thực thi pháp luật kinh tế và đưa pháp luật kinh tế vào cuộc sống. Do vậy, yếu tố năng lực, trình độ và phẩm chất đạo đức của cán bộ, công chức có sức ảnh hưởng rất lớn tới chất lượng, hiệu quả của hệ thống pháp luật về kinh tế và quyết định sự thành công của công tác QLNN về kinh tế đối ngoại, cũng như đảm bảo việc triển khai, thực thi pháp luật về kinh tế được đúng luật, chính xác, tiết kiệm hiệu quả góp phần kiềm chế tham nhũng, lãng phí. Nếu đội ngũ cán bộ, công chức có trình độ, năng lực và có đạo đức họ sẽ làm việc hết mình, có tinh thần trách nhiệm cao với công việc, họ sẽ là lực lượng nòng cốt và chủ lực để thực thi pháp luật, cũng như góp sức xây dựng, hoàn thiện hệ thống pháp luật kinh tế một cách tốt nhất, hiệu quả nhất.
Ngược lại, nếu đội ngũ cán bộ, công chức bị hạn chế về trình độ, năng lực và đạo đức thì họ sẽ trực tiếp hoặc gián tiếp gây ảnh hưởng tới công tác QLNN về kinh tế đối ngoại như họ sẽ tham mưu ban hành những văn bản quy phạm pháp luật kém hiệu quả, thiếu khả thi hoặc cố tình lách luật, làm sai quy định, thông đồng với nhà thầu…gây ra nhiều khó khăn trong quá trình triển khai áp dụng luật vào đời sống.