Trước yêu cầu quản lý và sử dụng tài nguyên nước hiệu quả đồng thời với chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu ngày một gia tăng cho thấy thực trạng quản lý nhà nước về tài nguyên nước nước không đạt mục tiêu đề ra, đang đứng trước các thách thức đó là: Lượng nước trên các hệ thống sông, suối của tỉnh ngày càng cạn kiệt, do phát triển ồ ạt thủy điện vừa và nhỏ, mất rừng, lượng mưa trung bình giảm, nắng nóng (rõ rệt nhất là trong những năm gần đây); nhu cầu nước cho các ngành kinh tế- xã hội gia tăng mạnh, trong khi sử dụng nước lãng phí, kém hiệu quả còn phổ biến và nước ngầm tiếp tục suy giảm, cạn kiệt; tốc độ đô thị hóa nhanh, quá tải về cơ sở hạ tầng đô thị cùng với áp lực dân số và yêu cầu nâng cao chất lượng cuộc sống đòi hỏi nhiều nước hơn, đang là thách thức lớn đối với phát triển và quản lý bền vững tài nguyên nước của chính quyền tỉnh; ô nhiễm nước gây ra từ hoạt động sản xuất và đời sống con người đang là mối đe dọa lớn nhất trong quản lý nguồn nước hiện nay; tình trạng thiên tai, lũ ống, lũ quét, hạn hán, ngập úng, trượt sạt lở đất, đá, mưa đá, lốc, giông..ngày càng diễn biến khó lường khiến tác động của biến đổi khí hậu đến tài nguyên nước ngày càng nghiêm trọng, gây ảnh hưởng nặng nề đối với sản xuất nông nghiệp, đời sống của người dân, có thể dẫn tới xung đột về nguồn nước ở nhiều khu vực nông thôn; nguồn lực đầu tư cho quản lý, bảo vệ tài nguyên nước chưa đáp ứng được yêu cầu, mặt khác hệ thống pháp luật về tài nguyên và quản lý nguồn nước thiếu đồng bộ có dẫn đến mâu thuẫn, tranh chấp, hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước về tài nguyên nước của chính quyền tỉnh còn hạn chế, chưa đạt mục tiêu đề ra.