Việc tổ chức thực hiện và hoàn thiện cơ cấu bộ máy quản lý nhà nước về tài nguyên nước là vấn đề cấp thiết trong gia đoạn hiện nay - hội nhập toàn cầu, phát triển kinh tế xã hội bền vững. Với tư cách là đại diện cho nhân dân quản lý lĩnh vực tài nguyên nước, nhà nước thực hiện nhiệm vụ quản lý thông qua hệ thống cơ quan nhà nước có sự phối hợp chặt chẽ, có sự điều phối, phối hợp giữa các đơn vị thực hiện quản lý tài nguyên nước với mục đích là quản lý thật tốt, thực hiện đúng chính sách, pháp luật, kế hoạch đã đề ra, không có trường hợp vi phạm các quy định của nhà nước, ngoài ra bộ máy nhà nước góp phần vào việc hệ thống hóa công tác quản lý nhà nước của các ngành, các cấp.
Cần ban hành các chương trình hành động, kế hoạch để chỉ đạo triển khai thực hiện; tổ chức và hướng dẫn kiểm tra việc điều tra đánh giá tài nguyên nước, khảo sát, đo đạc, xây dựng, vận hành hệ thống theo dõi, cơ sở dữ liệu đồng bộ, đầy đủ, chính xác, kịp thời để quản lý tài nguyên nước một cách đồng bộ, bền vững. Tăng cường kiểm soát, xử lý dứt điểm các điểm nóng về ô nhiễm môi trường, nhất là tại một số cơ sở sản xuất, bệnh viện và nơi công cộng; thực hiện tốt công tác phòng ngừa, kiểm soát nguồn gây ô nhiễm môi trường; chỉ đạo các địa phương triển khai đồng bộ giải pháp nhằm tăng cường thu gom, xử lý rác thải sinh hoạt, rác thải nguy hại; xử lý nước thải sản xuất, kinh doanh, dịch vụ. Đẩy mạnh công tác phòng ngừa, phát hiện, đấu tranh ngăn chặn hành vi vi phạm pháp luật về khai thác tài nguyên, khoáng sản, quản lý đất đai và bảo vệ môi trường, đa dạng sinh học; giám sát việc thực hiện quy định bảo vệ môi trường của các dự án đầu tư.
Tăng cường trách nhiệm của các cấp, các ngành, doanh nghiệp trong quản lý, sử dụng tài nguyên nước. Giám sát việc khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải; theo dõi, đánh giá, dự báo tình hình suy thoái, cạn kiệt, nguồn nước; thực hiện các giải pháp phòng, chống khô hạn, ứng phó với biến đổi khí hậu; điều hoà,
phân bổ nguồn nước cho các mục đích sử dụng nước. Tổ chức triển khai hiệu quả các cơ chế điều phối, giám sát liên ngành trong quản lý, khai thác, sử dụng, bảo vệ nguồn nước lưu vực sông, suối với sự tham gia giám sát của cộng đồng.
Triển khai chương trình đánh giá liên ngành để có giải pháp tổng thể công trình và phi công trình phòng chống sạt lở, sụt lún. Cập nhật kịch bản Biến đổi khí hậu, kế hoạch hành ứng phó với biến đổi khí hậu. Nâng cao năng lực, chất lượng dự báo, cảnh báo, nhất là dự báo xa; dự báo, cảnh báo kịp thời các hiện tượng thời tiết, thủy văn cực đoan, nguy hiểm phục vụ phòng, chống và giảm nhẹ thiên tai. Dự báo diễn biến dòng chảy, thủy văn, cảnh báo sớm chi tiết đối các đợt mưa lũ lớn để chỉ đạo vận hành an toàn hồ chứa thủy lợi, thủy điện, hồ đập. Phát triển mạng lưới trạm quan trắc khí tượng thuỷ văn theo hướng hiện đại hóa, tự động hóa thông qua hình thức đầu tư công kết hợp với hình thức xã hội hóa. Thực hiện cung cấp các dịch vụ về khí tượng thuỷ văn phục vụ phát triển kinh tế-xã hội và quản lý tài nguyên nước.
Hoàn thành dự án khôi phục rừng đầu nguồn sông Đà, sông Mã, dự án quản lý tài nguyên thiên nhiên bền vững gắn với trồng cây ăn quả, cây đa mục tiêu trên đất dốc, tăng tỷ lệ độ che phủ rừng, nâng cao chất lượng rừng.