Thứ nhất, đó là nhân tố về tổ chức cán bộ. Cơ cấu tổ chức bộ máy và phân cấp kiểm soát chi XDCB giữa các phòng KSC và KBNN quận huyện có ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng công tác kiểm soát chi XDCB. Tổ chức bộ máy cồng kềnh và việc phân cấp kiểm soát chi XDCB không hợp lý sẽ dẫn đến sự lãng phí về nguồn lực con người đồng thời ảnh hưởng đến chất lượng công tác kiểm soát chi XDCB. Vấn đề tổ chức cán bộ không những thể hiện ở việc tổ chức và sắp xếp cán bộ hiện có để thực thi công vụ mà còn phái tính đến quá trình đào tạo, bồi dưỡng về trình độ chuyên môn, nhận thức chính trị, đạo đức nghề nghiệp… có như vậy mới nâng cao được nguồn lực con người nhằm nâng cao chất lượng công tác kiểm soát chi đầu tư xây dựng cơ bản. Công tác tổ chức cán bộ còn được quyết định bởi năng lực của người lãnh đạo và năng lực của người cán bộ. Năng lực của người lãnh đạo thể hiện ở việc phân công và sử dụng cán bộ đúng năng lực, sở trường, khơi dậy niềm đam mê, tâm huyết với công việc, từ đó sẽ tập hợp, tuyển chọn và đào tạo được những cán bộ giỏi. Năng lực của cán bộ thể hiện qua khả năng phân tích, xử lý nghiệp vụ, phẩm chất đạo đức trong sáng, tâm huyết và có trách nhiệm với công việc được giao.
Suy cho cùng vấn đề con người là yếu tố quyết định nhất đối với công tác kiểm soát chi đầu tư XDCB. Nếu làm tốt yếu tố về con người sẽ phát huy được hiệu quả tối đa trong việc sử dụng lao động, nếu không làm tốt yếu tố này sẽ gây ra sự lãng phí rất lớn về nguồn nhân lực, đồng thời dẫn đến chất lượng công tác kiểm soát chi đầu tư XDCB thấp, vị thế của Kho bạc Nhà nước giảm sút.
Thứ hai, quy trình nghiệp vụ cũng là yếu tố tác động lớn đến công tác kiểm soát chi đầu tư XDCB. Quy trình nghiệp vụ khoa học, rõ ràng và cụ thể sẽ giúp cho việc tác nghiệp của cán bộ gập nhiều thuận lợi, hiệu quả và chất
lượng công tác kiểm soát chi đầu tư XDCB được nâng cao.
Thứ ba, trang thiết bị, phương tiện làm việc bao gồm cả các phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin cũng là một yếu tố không nhỏ tác động đến kiểm soát chi đầu tư XDCB. Nếu trang thiết bị đầy đủ, nhiều phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại sẽ giúp cho tiết kiệm được thời gian xử lý công việc, đẩy nhanh tốc độ chu chuyển của tiền tệ trong thanh toán và góp phần làm tinh gọn bộ máy quản lý.
Thứ tư, Trình độ chuyên môn của cán bộ làm kiểm soát chi đầu tư XDCB . Nếu cán bộ có năng lực chuyên môn tốt sẽ loại trừ được các thiếu sót và sai phạm trong các hồ sơ thanh toán, cung cấp đầy đủ thông tin cho các cấp lãnh đạo và đơn vị sử dụng NSNN nói chung, cũng như vốn đầu tư nói riêng. Nếu năng lực chuyên môn kém, tất yếu sẽ không thể hoàn thành tốt công tác được giao, không phát hiện ra sai phạm và gây thất thoát cho Nhà nước. Do đó việc tăng cường bồi dưỡng cho lực lượng cán bộ phải luôn được đặt lên hàng đầu.