Bên cạnh những kết quả đã đạt được, một số tổ chức cơ sở đảng chưa làm tốt công tác giáo dục chính trị tư tưởng, chưa kịp thời nắm bắt và giải
quyết những vấn đề bức xúc trong cơ quan, đơn vị, dẫn đến đơn thư khiếu kiện gây mất đoàn kết nội bộ. Một bộ phận cán bộ, đảng viên thiếu gương mẫu trong rèn luyện đạo đức cách mạng, sa vào chủ nghĩa cá nhân, thoái hoá, biến chất, suy thoái về đạo đức, lối sống, vi phạm pháp luật, vi phạm kỷ luật Đảng, làm ảnh hưởng tiêu cực đến tư tưởng, lòng tin của đảng viên và quần chúng. Một số tổ chức cơ sở đảng xem nhẹ việc thực hiện nguyên tắc tập trung dân chủ trong Đảng, đấu tranh tự phê bình và phê bình có lúc còn hữu khuynh, né tránh, ngại va chạm, lợi dụng phê bình để soi mói, đả kích, nói xấu đồng chí mình; việc chỉ đạo khắc phục cơ sở yếu kém còn chậm, việc đánh giá chất lượng tổ chức cơ sở đảng và đảng viên chưa thật chặt chẽ, có nơi chưa chuẩn xác; chưa có quy chế phối hợp quản lý đảng viên ở nơi cư trú giữa Đảng uỷ khối với các huyện uỷ, thành uỷ; chưa thường xuyên đôn đốc các cấp uỷ cơ sở thực hiện Quy định 76 của Bộ Chính trị về đảng viên đang công tác, về giữ mối liên hệ với cấp uỷ và thực hiện nghĩa vụ công dân nơi cư trú. Trong hoạt động kiểm tra, nhận thức của một số cấp uỷ và Ủy ban Kiểm tra cơ sở còn hạn chế, có nơi chưa coi trọng công tác kiểm tra, xây dựng chương trình kiểm tra còn nặng về hình thức, thực hiện kế hoạch kiểm tra có năm chưa đảm bảo đúng tiến độ, nội dung kiểm tra chưa toàn diện. Việc xử lý kỷ luật Đảng còn nương nhẹ, có nơi chưa đúng với tính chất và mức độ vi phạm, việc xử lý đảng viên vi phạm sau kiểm tra chưa kịp thời, có vụ việc còn để kéo dài, gây nên tình hình phức tạp. Việc đôn đốc thực hiện kết luận sau các cuộc kiểm tra còn hạn chế, chưa kết hợp chặt chẽ giữa kỷ luật Đảng với việc xử lý hành chính. Phong trào hoạt động của các đoàn thể chưa liên tục, thường xuyên, có phong trào còn mang tính hình thức, dẫn đến hiệu quả chưa cao, thậm chí một số hoạt động thiếu chiều sâu. Một số cấp uỷ cơ sở chưa coi trọng công tác vận động quần chúng, sự phối hợp của lãnh đạo cơ quan, đơn vị với các đoàn thể chưa thường xuyên, chưa phát huy đầy đủ vai trò của công chức, viên chức và người lao động trong việc tham gia xây dựng tổ chức cơ sở đảng và cơ quan, đơn vị vững mạnh.
Một số tổ chức cơ sở đảng đã diễn ra tình trạng mất đoàn kết nội bộ, có nơi kéo dài và nghiêm trọng. Mất đoàn kết là do chủ nghĩa cá nhân, tư tưởng địa vị, nhỏ nhen ích kỷ… Điều đáng lo ngại là tình trạng trên lại xảy ra trong một số cán bộ chủ chốt, giữa cấp trưởng và cấp phó, giữa cán bộ quản lý và cán bộ làm công tác đảng, đoàn thể, giữa cán bộ mới và cán bộ cũ, giữa cán bộ trẻ và cán bộ nhiều tuổi… Một bộ phận cán bộ, đảng viên do nhận thức không đúng đắn hoặc cố ý làm sai lệch những vấn đề thuộc về đường lối chính sách, thiếu trau dồi tình cảm, lối sống lành mạnh dẫn đến mâu thuẫn nhau trong hành động, sinh ra bè cánh, đả kích, nói xấu, cản trở nhau trong công tác. Trong đấu tranh phê bình, một số cán bộ đảng viên, không nói thẳng, nói thật, không mang tính xây dựng, mà nói bên ngoài tổ chức, đề cao mình, nói xấu người khác, tranh thủ người này, lôi kéo người kia, làm cho nội bộ nghi ngờ lẫn nhau. Việc thực hiện quy chế làm việc ở một vài chi bộ, đảng bộ chưa tốt, dân chủ hình thức trong việc thực hiện chế độ sinh hoạt đảng. Tình hình mất đoàn kết ở một số tổ chức cơ sở đảng trước đây chưa được xử lý kịp thời đã dẫn tới những hậu quả rất đáng tiếc, tạo kẽ hở cho chủ nghĩa cá nhân phát triển, phá vỡ sự đoàn kết nội bộ, như Hồ Chí Minh đã từng nói:
Từ bè phái mà đi đến chia rẽ. Ai hợp với mình thì người xấu cũng thành tốt, việc dở cũng cho là hay, rồi che đậy cho nhau, ủng hộ lẫn nhau. Ai không hợp với mình thì người tốt cũng cho là xấu, việc hay cũng cho là dở, rồi tìm cách gièm pha nói xấu, dìm người đó xuống. Bệnh này tai hại cho Đảng. Nó làm hại đến sự thống nhất, nó làm Đảng bớt mất nhân tài và không thực hành được đầy đủ chính sách của mình, nó làm mất sự thân ái, đoàn kết giữa đồng chí, nó gây ra mối nghi ngờ [56, tr.473].
Ở một số cơ quan, đơn vị, việc thực hiện các nguyên tắc tổ chức, sinh hoạt đảng còn lỏng lẻo. Tình trạng thủ tiêu đấu tranh, bằng mặt mà không bằng lòng, không có chính kiến của mình còn diễn ra ở một bộ phận cán bộ
đảng viên. Trong khi đó, công tác kiểm tra tệ quan liêu, xa rời quần chúng ở một vài tổ chức cơ sở đảng chưa được coi trọng và một bộ phận cán bộ đảng viên sa sút về phẩm chất, lối sống, mưu lợi cá nhân gây mất đoàn kết nội bộ; ý thức rèn luyện vươn lên của một số đảng viên còn hạn chế, có đảng viên vi phạm kỷ luật Đảng, pháp luật của Nhà nước. Việc đánh giá phân tích chất lượng tổ chức đảng và đảng viên hàng năm có nơi chưa bảo đảm đúng thực chất, còn có tư tưởng chạy theo thành tích. Do đó, chất lượng tổ chức đảng và đảng viên còn hạn chế, tính giáo dục chưa được đề cao.
Nguyên nhân của những hạn chế
Một số cấp uỷ chưa thực sự coi trọng công tác giáo dục chính trị tư tưởng, chưa nắm bắt kịp thời diễn biến tư tưởng của cán bộ, đảng viên trước những biến động phức tạp của tình hình thế giới, của mặt trái cơ chế thị trường và sự phân hoá giàu, nghèo trong xã hội. Vai trò lãnh đạo của các cấp uỷ cơ sở chưa được phát huy đầy đủ và còn nhiều mặt hạn chế. Việc kiểm tra đôn đốc thực hiện nghị quyết chưa thường xuyên, chưa kiên quyết. Một số cấp uỷ viên, nhất là cấp uỷ viên là cán bộ chủ chốt chưa tự giác tự phê bình và phê bình, thậm chí vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, chưa làm gương cho cán bộ, đảng viên trong đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí. Hơn nữa, việc xử lý một số vụ việc nổi cộm ở cơ sở chưa nghiêm túc, chưa kịp thời. Một số chủ trương, biện pháp quy định nhằm chống tham nhũng, lãng phí và bảo vệ tài sản của cơ quan, đơn vị đề ra còn mang tính hình thức; thực hiện còn nửa vời, thiếu sự kiểm tra, đôn đốc. Do đó, hiệu quả chống tiêu cực chưa cao.
Trong lãnh đạo, chỉ đạo của một số cấp uỷ cơ sở, lãnh đạo cơ quan, đơn vị chưa tập trung, kiên quyết, còn trông chờ, ỷ lại vào cấp trên. Công tác tham mưu đề xuất của một số ngành còn hạn chế, chưa phát huy tính chủ động, sáng tạo, dám nghĩ, dám làm, thiếu quyết tâm tranh thủ thời cơ, thuận lợi và tích cực khắc phục khó khăn; chưa phát huy tối đa được các lợi thế, nguồn lực
tại chỗ để giải quyết các vấn đề về kinh tế và xã hội của địa phương. Một nguyên nhân nữa phải kể đến, đó là trình độ, năng lực của một số cấp uỷ viên của Đảng bộ từ khối đến cơ sở, chưa đáp ứng với những đòi hỏi của tình hình mới, đặc biệt là nghiệp vụ công tác Đảng hiện nay của đội ngũ cán bộ kiêm chức còn hạn chế dẫn tới việc lãnh đạo, chỉ đạo và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ chính trị của cơ quan, đơn vị còn lúng túng. Trình độ, năng lực tổ chức thực hiện, tinh thần trách nhiệm của một số cán bộ lãnh đạo còn hạn chế. Một bộ phận cán bộ, đảng viên nói chưa đi đôi với làm, tinh thần phục vụ nhân dân chưa cao, chưa đặt lợi ích tập thể lên trên lợi ích cá nhân.