Hoạt động thanh tra, kiểm tra là một trong những chức năng thiết yếu của quá trình QLNN; nó góp phần quan trọng vào việc nâng cao hiệu lực, hiệu quả của hoạt động QLNN.
a. Thanh tra, kiểm tra giám sát xử lý vi phạm và các điểm nóng về môi trường
Thanh tra, kiểm tra BVMT là hoạt động thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về BVMT; thanh tra, kiểm tra để xác định trách nhiệm phải xử lý về môi trường đối với trường hợp có nhiều tổ chức, cá nhân hoạt động trong một vùng mà có gây sự cố môi trường, ô nhiễm môi trường, suy thoái môi trường; thanh tra, kiểm tra để giải quyết tranh chấp, khiếu nại, tố cáo về BVMT.
UBND cấp tỉnh/huyện kiểm tra, thanh tra việc thực hiện BVMT trên địa bàn quản lý của mình theo sự phân cấp của pháp luật tức là kiểm tra, thanh tra việc thực hiện BVMT của hộ gia đình, cở sở kinh doanh, cá nhân trong phạm vi quản lý của UBND cấp xã/phường. Nội dung thanh tra về BVMT bao gồm: Quy định về bản cam kết BVMT đối với cơ sở kinh tế, khoa học kỹ thuật, y tế, văn hóa xã hội, an ninh, quốc phòng đã hoạt động và khi xây dựng mới hoặc cải tạo, dự án xây dựng, cải tạo vùng sản xuất, khu dân cư; dự án liên doanh hoặc của nước ngoài đầu tư phát triển kinh tế - xã hội; Sự tuân thủ tiêu chuẩn môi trường trong sản xuất kinh doanh và các hoạt động khác; Việc thực hiện các quy định BVMT đô thi, khu dân cư; Việc thực hiện các quy định BVMT biển, nước sông và các nguồn nước khác; Thực hiện các quy định QLNN về môi trường đối với việc quản lý chất thải; Thực hiện trách nhiệm phòng, chống, khắc phục sự cố môi trường đối với việc; Giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo các hành vi vi phạm Luật BVMT. Qua công tác thanh tra, kiểm tra phát hiện các sai phạm để ngăn chặn kịp thời tránh hậu quả xấu gây thiệt hại cho nhà nước hoặc tổ chức, cá nhân [34].
b. Thanh tra trách nhiệm QLNN về BVMT và giải quyết khiếu nại, tố cáo về môi trường
- Kết hợp việc thanh tra, kiểm tra chấp hành pháp luật của các hoạt động sản xuất, kinh doanh với kiểm tra, rà soát trách nhiệm QLNN về môi trường đối với cấp cơ sở.
- Hoà giải, giải quyết các tranh chấp, xung đột, khiếu nại, tố cáo về môi trường phát sinh trên địa bàn giữa các cơ quan, trong nhân dân theo quy định của pháp luật về hoà giải.