Theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg ngày 22/4/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc “Phê duyệt Kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở đã gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng” và Quyết định số 1788/QĐ-TTg ngày 01/10/2013 của Thủ tướng Chính phủ về việc “Phê duyệt Kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng đến năm 2025”, Trên địa bàn tỉnh hiện có 20 cơ sở ô nhiễm môi trường nghiêm trọng:
+ Hiện nay đã xác nhận hoàn thành, đóng cửa, di dời và thực hiện xong xử lý ô nhiễm là 7 cơ sở (Nhà máy xử lý nước thải Tam Hiệp; BVĐK khu vực Bắc Quảng Nam; Nhà máy xi măng Xuân Thành; Nhà máy Thép Việt Mỹ; Bãi rác Đại Lộc; Bãi rác Tam Đàn; Bãi rác Nam Trà My).
+ 9 cơ sở đã được đầu tư kinh phí khắc phục tuy nhiên chưa đồng bộ (4 Bãi rác: huyện Bắc Trà My, Tam Nghĩa, Hội An và 5 Bệnh viện: BVĐKTW huyện Núi Thành; BVĐK huyện Thăng Bình; BVĐK huyện Hiệp Đức và BV ĐK Duy Xuyên) hiện đang từng bước triển khai hoàn thiện.
+ 4 cơ sở đã được phê duyệt dự án và trình Bộ Tài nguyên và Môi trường hỗ trợ kinh phí xử lý trong thời gian tới (2 Bãi rác: Bãi rác Đại Nghĩa, Bãi rác Tam Xuân 2 ; 1 chợ Tam Kỳ và 1 BVĐK huyện Phú Ninh).
Ngoài ra trong năm 2017 đã khắc phục cơ bản 2 cơ sở ô nhiễm môi trường gây bức xúc kéo dài là Công ty 6666 , Công ty TNHH vàng Bông Miêu, Công ty TNHH vàng Phước Sơn. Các cơ sở có tính chất điểm nóng về môi trường cũng đã được Chi cục quyết liệt kiểm tra đôn đốc hướng dẫn, các vấn đề ô nhiễm được cải thiện đáng kể.