Hầu hết các bệnh viện đã tiến hành phân loại chất thải y tế theo Thông tư số 58/2015/TTLT-BYT-BTNMT của Bộ Tài nguyên và Môi trường về ban hành quy chế quản lý chất thải y tế, bằng nguồn vốn Dự án y tế nông thôn và vốn trái phiếu Chính phủ, các bệnh viện được trang bị lò đốt và hệ thống xử lý chất thải lỏng theo công nghệ xử lý bằng phương pháp lọc đứng tự động kết hợp sử dụng hóa chất. Tuy nhiên, hệ thống xử lý chất thải mới đi vào hoạt động trong thời gian ngắn nhưng đã bộc lộ nhiều hạn chế, nhất là hệ thống lò đốt của tất cả các bệnh viện đều xuống cấp.
Theo tiêu chuẩn thiết kế, mỗi lò có thể đốt cháy 200kg rác thải trong vòng 12 giờ, mỗi giờ tiêu thụ hết 20 lít dầu diezen. Nếu vận hành đúng theo quy trình thì tất cả rác thải sẽ được đốt cháy hoàn toàn thành tro, xỉ, sau đó
được thu gom, chôn lấp. Tuy nhiên, do tiêu thụ nhiên liệu quá tốn kém, trong lúc nguồn thu hạn chế, một số bệnh viện thực hiện quy trình đốt không đảm bảo thời gian, mỗi lần đốt chỉ vài giờ, thậm chí chỉ đốt một số loại bệnh phẩm nguy hiểm nhằm tiết kiệm nhiên liệu, các rác thải đốt chưa triệt để được đưa chung vào rác thải sinh hoạt đưa đến bãi rác công cộng. Đến nay, hầu hết các lò đốt đã hư hỏng một số bộ phận, giảm công suốt đốt cháy. UBND tỉnh đã chỉ đạo Sở Y tế quan tâm phối hợp với các ngành liên quan để đầu tư nâng cấp, cải tạo các lò đốt này theo phương pháp phun sương ngược dòng để xử lý khói thải các lò đốt rác y tế đảm bảo theo đúng quy định.