Chất thải trong chăn nuôi được phân ra làm 3 loại là chất thải rắn; chất thải khí bao gồm CO2, NH4, CH4, H2S,… đây đều là những loại khí chính gây hiệu ứng nhà kính và chất thải lỏng bao gồm nước tiểu, nước tắm, nước rửa chuồng, nước từ các lò mổ gia súc gia cầm,... Chất thải của gia súc có thể tạo ra tới 65% lượng N2O trong không khí. Đây là loại khí có khả năng hấp thụ năng lượng mặt trời cao gấp 296 lần so với khí CO2. Theo nghiên cứu của Hur và ctv (2004) cho thấy trong chất thải của lợn có tới 9% lượng khí CO2, 37% lượng khí CH4. Điều này có nghĩa là chăn nuôi gia súc là một trong số tác nhân chính làm tăng hiệu ứng nhà kính. Chăn nuôi gia súc còn thai ra tới 64% lượng khí NH3 là nguyên nhân của những trận mưa acid.
Tại Việt Nam, hiện trạng ô nhiễm do chăn nuôi gây ra đang ngày một ở mức báo động. Xã Trực Thái (Nam Định) có 91,13% hộ chăn nuôi khi kiểm tra mức khí độc NH3, H2S kết quả cao hơn mức cho phép 4,7 lần, mức nhiễm khuẩn không khí trong chuồng
nuôi trung bình là 18.675 vi khuẩn (cao hơn tiêu chuẩn của Nga 12 lần). Ô nhiễm do chăn nuôi và đặc biệt là chăn nuôi lợn thì không chỉ làm ô nhiễm không khí mà còn ảnh hưởng nặng nề tới nguồn nước và tài nguyên đất. Đối với chất thải lỏng, có tới 60% được thải trực tiếp ra đất hoặc nguồn nước, 12% là thải trực tiếp vào ao cá, chỉ 25% được sử dụng làm hầm biogas. Trong khi đó, chất thải chăn nuôi sử dụng làm phân bón cho cây trồng đang có chiều hướng giảm do quy mô chăn nuôi tăng song diện tích trồng trọt ngày càng thu hẹp và thói quen dùng phân hóa học bón cho cây trồng (Vũ Đình Tôn, 2008). Phạm Sỹ Tiệp (2008) cho rằng chất thải chăn nuôi có mức BOD cao hơn tiêu chuẩn cho phép 500 mg/l, có chứa số lượng vi khuẩn E. coli và trứng ký sinh trùng cao hơn tiêu chuẩn nhiều lần. Lượng vi khuẩn tăng nhanh trong nước ngầm, 100% mẫu rau xanh có sử dụng chất thải chăn nuôi làm phân bón đều có chứa vi khuẩn E. coli. Kiểm tra thịt tại các chợ ở thành phố Hồ Chí Minh cho thấy 2,2% mẫu thịt nhiễm
Salmonella và 43,3% nhiễm E. Coli (Lã Văn Kính, 2003).
Vấn đề chất thải chăn nuôi lợn được đánh giá là trầm trọng nhất trong số các vấn đề gây ô nhiểm môi trường hiện nay. Hiện quy mô nuôi lợn ở nước ta hầu hết đều rất nhỏ (1- 5 con/hộ). Chính vì vậy người dân ít quan tâm đến vấn đề xử lý chất thải trong chăn nuôi. Hơn nữa, chất thải chăn nuôi có mùi khó chịu nên không được người dân dùng làm phân bón cho các loại rau cũng như các loại cây trồng trong vườn nhà. Việc xử lý chất thải trong chăn nuôi là rất cần thiết giúp giảm thiểu ô nhiễm môi trường. Trên thực tế, ô nhiễm do chăn nuôi vẫn đang là một thách thức cần được giải quyết. Để quản lý chất thải có hiệu quả hiện nay ở một số nước tiên tiến đã khuyến cáo cho người chăn nuôi thực hiện các bước sau (1) giảm thiểu nguồn phát sinh; (2) tái sử dụng, tái chế; (3) thu hồi năng lượng từ chất thải rắn; (4) chôn lấp hợp vệ sinh.