Bao gồm các loại khí thải phát sinh trong quá trình chăn nuôi như CO2, NH3, H2S, khí có mùi. Môi trường chăn nuôi thường bị ô nhiễm bởi các chất NH3, H2S, bụi lơ lửng, các vi sinh vật và bào tử nấm có hại. Cho tới nay nhiều biện pháp đã được sử dụng để cải thiện tình trạng ô nhiễm môi trường chăn nuôi là sử dụng các chế phẩm sinh học EM là vi sinh vật hữu hiệu do Teruo Higa người Nhật phát minh vào năm 1980. Vi sinh vật hữu hiệu gồm có, nhóm vi khuẩn quang hợp (Rodopseudomonas), nhóm vi khuẩn (Lactobacillus), nhóm nấm men (Saccharomyces), nhóm nấm sợi (Aspergillus và
Penicillium). EM làm giảm mùi hôi trong chuồng trại, giảm ruồi và côn trùng có hại
khác, tăng chất lượng các sản phẩm của động vật, giảm nhu cầu sử dụng thuốc thú y, kháng sinh trong chăn nuôi. Nguyễn Duy Hoan và Trần Thị Kim Anh (2001) cho biết, sử dụng 1% EM bổ sung vào thức ăn cho gà thịt làm tăng khả năng tiêu hóa, giảm tiêu tốn thức ăn, tăng tỷ lệ thịt xẻ, giảm mùi hôi trong chuồng nuôi. Theo Đậu Ngọc Hào và ctv (2001) chế phẩm EM Bokashi được chế tạo từ phương pháp lên men khô bổ sung 1% vào thức ăn cho lợn, gà và rải 50g bokashi/m2 chuồng nuôi gà có tác dụng cải thiện tình trạng ô nhiễm từ chất thải trong chuồng nuôi, ít mùi hôi, thời gian thối rữa của phân lâu hơn. Theo Trần Văn Phùng và Từ Quang Hiển (2004) cho thấy hàm lượng khí NH3 và H2S thải ra trong phân lợn giảm nhiều khi bổ sung chế phẩm EM vào thức ăn của lợn.
Như vậy, các biện pháp cần áp dụng để cải thiện môi trường lao động cho người chăn nuôi là áp dụng các kỹ thuật tổng hợp như sử dụng hầm biogas, ủ phân, sử dụng chuồng chăn nuôi kín. Theo Phùng Thị Vân và ctv (2006) ứng dụng các giải pháp kỹ thuật tổng hợp vào xây dựng mô hình chăn nuôi nông hộ đã đạt được kết quả, giảm hàm lượng một số chỉ tiêu đặc trưng cho ô nhiễm môi trường từ 27,0 - 63,45%. Mức giảm
thiểu ô nhiễm môi trường trong khu vực chuồng nuôi và cải thiện năng suất chăn nuôi có chiều hướng gia tăng theo số lượng giải pháp kỹ thuật được áp dụng.
FAO (2008) đã tiến hành một nghiên cứu về tính cạnh tranh của ngành chăn nuôi Việt Nam. Dự án nâng cao năng lực cạnh tranh và an toàn thực phẩm ngành Chăn nuôi (2009) đã khẳng định nguyên nhân chính gây mùi hôi trong chuồng là từ phân và nước tiểu trên sàn chuồng, để kiểm soát mùi hôi và khí thải cần áp dụng các biện pháp như sau, (1) đảm bảo thông gió tốt cho chuồng trại bởi vì chuồng trại thông thoáng sẽ làm cho các bề mặt được khô nhanh hơn, làm giảm mùi hôi; (2) lấy phân ra khỏi chuồng và đưa vào hố ủ/chứa phân ở chỗ khác càng sớm càng tốt để giảm thiểu sự phát thải các khí có mùi hôi trong chuồng; (3) dọn vệ sinh chuồng nhiều lần trong ngày; (4) xử lý phân trong trạng thái càng khô càng tốt; (5) khi có súc vật chết đưa ra khỏi chuồng; (6) kiểm tra hướng gió chính trong khu vực trước khi tiến hành rải phân trên ruộng nhằm giảm thiểu sự phát tán mùi hôi và các hạt mịn có thể gây ảnh hưởng xấu đến khu vực xung quanh; (7) dùng một số vật liệu để giảm mùi hôi và khí thải từ khu vực chứa, ủ phân. Vật liệu dùng để che phủ có thể là rơm rạ, nylon hoặc đất sét, các tấm nhựa nổi,...