Nếu nguyên nhân khách quan là những trường hợp xảy ra bất ngờ, không lường trước được và ngoài sự kiểm soát của con người thì nguyên nhân chủ quan lại là những trường hợp do chính bản thân con người, trong tầm kiểm soát của con người.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng ngoài những tranh chấp do những nguyên nhân khách quan nêu trên thì những tranh chấp còn lại đều do những nguyên nhân chủ quan gây nên. Giải quyết những tranh chấp phát sinh từ những nguyên nhân chủ quan thường rất phức tạp vì ở đó có yếu tố con người. Các nguyên nhân chủ quan cũng rất đa dạng có thể do bên thuê vận chuyển hoặc bên vận chuyển cố ý vi phạm, do hợp đồng không quy định hoặc không quy định rõ ràng hoặc do trình độ nghiệp vụ kiến thức pháp lý của người tham gia ký kết hợp đồng…
b1) Do ngƣời thuê vận chuyển hoặc do ngƣời vận chuyển: sự đối lập về quyền và nghĩa vụ của các bên trong hợp đồng vận chuyển chính là nguyên nhân cơ bản dẫn đến sự tranh chấp giữa hai bên. Những gì có lợi cho người vận chuyển thì rất có thể bất lợi cho người thuê vận chuyển. Khi thực hiện hợp đồng các bên đều mong muốn đạt được hiệu quả cao nhất, hàng hoá được vận chuyển một cách an toàn nhất và tiền cước được thanh toán đầy đủ nhưng nhiều khi vì mục đích riêng bên nào đó sẵn sàng vi phạm nghĩa vụ cam kết làm ảnh hưởng đến quyền lợi của bên kia. Ví dụ như sau khi đã nhận hàng
đầy đủ tại một cảng A tại Châu á chủ tàu Z đáng lẽ phải đi đến cảng N tại Châu Mĩ nhưng trên đường đi chủ tàu Z dừng lại tại một cảng M bán cả số hàng và con tàu chuyên chở đó. Đây được coi là bên vận chuyển chủ động vi phạm.
b2) Do hợp đồng thuê tàu không quy định đầy đủ, rõ ràng các điều khoản.
Thực tế thương mại hàng hải cho thấy nhiều khi tranh chấp phát sinh do các điều khoản của hợp đồng thuê tàu không được quy định rõ ràng và đầy đủ. Ví dụ như trong điều khoản về trọng tài có ghi “Mọi tranh chấp phát sinh (nếu có) sẽ được xét xử tại trung tâm trọng tài quốc tế”. Thiếu sót ở đây là không nói rõ trung tâm trọng tài quốc tế nào. Đến khi tranh chấp xảy ra đòi hỏi phải giải quyết thì lại nảy sinh xung đột mới về pháp luật điều chỉnh.
b3) Do hạn chế về trình độ nghiệp vụ và trình độ pháp lý của những ngƣời tham gia ký kết
Hạn chế về, chuyên môn, nghiệp vụ, trình độ pháp lý của những người tham gia ký kết hợp đồng trước hết ảnh hưởng đến việc tìm hiểu đối tác. Do không thông thạo về thị trường thuê tàu nên bên thuê vận chuyển nhiều khi đã thuê phải tàu già, tàu không đủ khả năng đi biển hoặc tàu ma dẫn đến mất cả hàng hoá lẫn tiền cước phí. Do vậy thuê tàu là một nghiệp vụ vô cùng phức tạp, đòi hỏi trình độ chuyên môn nghiệp vụ pháp lý cao, người thuê tàu phải có kiến thức am hiểu về lai lịch con tàu.
2.4.2 Các biện pháp giải quyết tranh chấp
Như đã đề cập ở phần trên, các bên trong hợp đồng dù cố gắng đến mấy thì trong quá trình thực hiện hợp đồng cũng không thể tránh khỏi những tranh
chấp phát sinh. Vì vậy khi có tranh chấp xẩy ra thì tìm một giải pháp để giải quyết tranh chấp có hiệu quả có một ý nghĩa rất lớn.
Các Công ước quốc tế cũng như Bộ luật hàng hải Việt Nam 1990 đều đưa ra các biện pháp giải quyết tranh chấp để các bên có thể lựa chọn. Theo đó, khi có tranh chấp xảy ra các bên liên quan có thể giải quyết bằng thương lượng hoặc thoả thuận đưa ra giải quyết tranh chấp bằng trọng tài hoặc khởi kiện ra toà án [42]. Qua thực tế giải quyết các tranh chấp phát sinh từ hợp đồng vận chuyển hàng hoá bằng đường biển chúng ta có thể đưa ra các giải pháp cơ bản sau: a) tham khảo ý kiến của các chuyên gia để có hướng giải quyết đúng đắn; b) giải quyết tranh chấp bằng con đường hoà giải; c) giải quyết bằng trọng tài và; d) khởi kiện ra toà án [43, tr.153].